1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
CTGACGCTGGACGAGGCGCTCAAGGTGACCAACCGCCGCGTGAACGCGCTGGAGAACGTGGTTAAGCCCAAGCTGGAGAACACCATCTCCTACATCAAGGgtgagagactggcagtcgtgggcgcacaggccggtgcacgtcagcatgagcattcacacgggttttgagtccatgtgggcgcactaactccttcagagcc...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP01852 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGAGAACGTGGTTAAGCCCAAGCTGGAGAACACCATCTCCTACATCAAGG CCGAGCTGGACGAGCTGGAGCGCGAGGAGTTTTTCCGGCTAAAGAAGGTGC
genomic: GGAGAACGTGGTTAAGCCCAAGCTGGAGAACACCATCTCCTACATCAAGGgtgagagact ... gtcctcgcagCCGAGCTGGACGAGCTGGAGCGCGAGGAGTTTTTCCGGCTAAAGAAGGTGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTGACGCTGGACGAGGCGCTCAAGGTGACCAACCGCCGCGTGAACGCGCTGGAGAACGTGGTTAAGCCCAAGCTGGAGAACACCATCTCCTACATCAAGGgtgagagactggcagtcgtgggcgcacaggccggtgcacgtcagcatgagcattcacacgggttttgagtccatgtgggcgcactaactccttcagagcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcacgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgagcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcacacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttttgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tccatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactaac