1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
TGCTGTCGGCCCGCACACGTGTCATCCGGGTGCGCAACGTGCTGACGGACCAGGAGGACCAGATCGAGGTGCCGTGCGAGGAGAAGCTGGTGGAGATCCGgtgaggggcgcggggaggggggcggggaggagctggagagggggaaagggtggggaagtgtgggtaggggcgggagcccggccggtggcttcagtcggtc...
species | Chlamydomonas reinhardtii |
transcript | EDP01830 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAGGAGGACCAGATCGAGGTGCCGTGCGAGGAGAAGCTGGTGGAGATCCG GGAGCGCTACCTGGAGCTGAACGCGCACGEST: gi|16436233|gb|BM001453.1|BM001453
genomic: CAGGAGGACCAGATCGAGGTGCCGTGCGAGGAGAAGCTGGTGGAGATCCGgtgaggggcg ... gtgtgtgcagGGAGCGCTACCTGGAGCTGAACGCGCACG
EST: CAGGAGGACCAGATCGAGGTGCCGTGCGAGGAGAAGCTGGTGGAGATCCG GGAGCGCTACCTGGAGCTGAACGCGCACGCCAAGAGCTACACTTGGAAGGC
genomic: CAGGAGGACCAGATCGAGGTGCCGTGCGAGGAGAAGCTGGTGGAGATCCGgtgaggggcg ... gtgtgtgcagGGAGCGCTACCTGGAGCTGAACGCGCACGCCAAGAGCTACACTTGGAAGGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGCTGTCGGCCCGCACACGTGTCATCCGGGTGCGCAACGTGCTGACGGACCAGGAGGACCAGATCGAGGTGCCGTGCGAGGAGAAGCTGGTGGAGATCCGgtgaggggcgcggggaggggggcggggaggagctggagagggggaaagggtggggaagtgtgggtaggggcgggagcccggccggtggcttcagtcggtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtggctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agtcggt