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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttgctcgcaagagtgatcctggtctagccgatcgccttgccgagctttgtgcccgtgtcttgttgtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP01096
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10777756|gb|AV634436.1|AV634436
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|14235090|gb|BG853906.1|BG853906
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|16073069|gb|BI875065.1|BI875065
EST:     CCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCACTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: CCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCC-CTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|8932613|gb|BE227374.1|BE227374
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|14231263|gb|BG850079.1|BG850079
EST:     CTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGNCAAGGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: CTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTG-CAA-GCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|10775030|gb|AV625853.1|AV625853
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|8287147|gb|BE024706.1|BE024706
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|14241405|gb|BG860221.1|BG860221
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|15696147|gb|BI720452.1|BI720452
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|10127676|gb|BE726380.1|BE726380
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|16430984|gb|BI996210.1|BI996210
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|15372690|gb|BI532116.1|BI532116
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|10779637|gb|AV636317.1|AV636317
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
EST: gi|14231264|gb|BG850080.1|BG850080
EST:     TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGC                         GTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
genomic: TCCTCCGCTGGGCTCTTGCAGCCCTGGTGGTGCAAGCCGCGGTGTTCAGCgtgagtttgc ... gtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtctagccgatcgccttgccgagctttgtgcccgtgtcttgttgtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT
                                           ttgtcctc  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtgagtttgctcgcaagagtgatcctggtctagccgatcgccttgccgagctttgtgcccgtgtcttgttgtcctcgcagGTTATTGCTCAAGATGCTGAGCAAGCGCAAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG