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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaggcttgctcggagggtgggggcgcagaaggccggttgcaggtgcacgagccatctgggaacccaatctgcccaagcgcagtgctgcctctgtgcaaccctccctgcccagccgcaacaatgatatttactctccccccccccatgactatttccttgcagCTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCTACGCGTGAGCCTGCCTTCGCACTTTCCCCAG

Basic information

species Chlamydomonas reinhardtii
transcript EDP00965
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|14232532|gb|BG851348.1|BG851348
EST:     GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGG                         CTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
genomic: GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGGgtgaggcttg ... ttccttgcagCTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
EST: gi|6547806|gb|AV393590.1|AV393590
EST:     GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGG                         CTCGGTGATGGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGACCACCGCTCT
genomic: GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGGgtgaggcttg ... ttccttgcagCTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
EST: gi|15702056|gb|BI726361.1|BI726361
EST:     GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGG                         CTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
genomic: GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGGgtgaggcttg ... ttccttgcagCTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
EST: gi|23366818|gb|BU654637.1|BU654637
EST:     GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGG                         CTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
genomic: GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGGgtgaggcttg ... ttccttgcagCTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
EST: gi|15699177|gb|BI723482.1|BI723482
EST:     GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGG                         CTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
genomic: GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGGgtgaggcttg ... ttccttgcagCTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
EST: gi|15699176|gb|BI723481.1|BI723481
EST:     GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGG                         CTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
genomic: GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGGgtgaggcttg ... ttccttgcagCTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
EST: gi|15699178|gb|BI723483.1|BI723483
EST:     GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGG                         CTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
genomic: GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGGgtgaggcttg ... ttccttgcagCTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
EST: gi|14232533|gb|BG851349.1|BG851349
EST:     GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGG                         CTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT
genomic: GATGAACTCACTCGGGCTTTTCCTGCTGCCCAGCTTGTCAATGCTGAGGGgtgaggcttg ... ttccttgcagCTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccagccgcaacaatgatatttactctccccccccccatgactatttccttgcagCTCGGTGATTGACTTGCCCTTCCAACTGCCCAATGGCCGGCCCACCGCTCTACGCGTGAGCCTGCCTTCGCACTTTCCCCAG
                       ctctccccccccccat  CT-rich tract
         aacaatgatattta  TA-rich tract