Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgccactaggtctttctatcatgagtaatggtggtttcatgattgctagaatgcaatgcaattatgttggtgtgtaattaaatgttttggttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCGGTGGTGGTGCTGCTGGATCTGATCTTCCTTGAAAAGGACTTTCTTGTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G41520.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47831362|gb|CK121046.1|CK121046
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|125273642|gb|EL287727.1|EL287727
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|163995774|gb|ES198518.1|ES198518
EST:     GTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGTATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: GTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTG-ATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|125251153|gb|EL265238.1|EL265238
EST:     GATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCNGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: GATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|125165585|gb|EL191804.1|EL191804
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGACTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTTGGTT
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAG-CTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGT-GGTT
EST: gi|125197436|gb|EL212390.1|EL212390
EST:     CAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: CAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|125097115|gb|EL153681.1|EL153681
EST:     GTATGGTGACAAGGTCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGG
genomic: GTATGGTGACAAGG-CTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGG
EST: gi|124961166|gb|EL035739.1|EL035739
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGAAGCTAGGCAAGGGTTTGG
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGG
EST: gi|125199647|gb|EL214601.1|EL214601
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGGAGCTG
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGG-AGCTG
EST: gi|124993717|gb|EL065986.1|EL065986
EST:     ATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: ATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|125250682|gb|EL264767.1|EL264767
EST:     AAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: AAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|164136499|gb|ES143375.1|ES143375
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTAGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGG
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGT-GGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGG
EST: gi|125070155|gb|EL135675.1|EL135675
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAG
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAG
EST: gi|125063839|gb|EL131674.1|EL131674
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGG
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGG
EST: gi|125050776|gb|EL123045.1|EL123045
EST:     GTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGACGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: GTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|125265582|gb|EL279667.1|EL279667
EST:     TGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTCGTTTC
genomic: TGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|47827937|gb|CK117621.1|CK117621
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|125254949|gb|EL269034.1|EL269034
EST:     ACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: ACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|124919453|gb|EH993213.1|EH993213
EST:     GTATGGTGACAAGGCTGGAGCTACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGG
genomic: GTATGGTGACAAGGCTGGAGC-ACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGG
EST: gi|125001604|gb|EL073873.1|EL073873
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCG
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCG
EST: gi|125277802|gb|EL291887.1|EL291887
EST:     GACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGCGCTGGTGGTTTC
genomic: GACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|124704804|gb|EH796206.1|EH796206
EST:     GACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
genomic: GACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTC
EST: gi|164177326|gb|ES055168.1|ES055168
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTG
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTG
EST: gi|125289657|gb|EL303742.1|EL303742
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAG
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAG
EST: gi|164027065|gb|ES015115.1|ES015115
EST:     AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGG                         GGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAA
genomic: AGTATGGTGACAAGGCTGGAGCACCTGCTGATTACCAGCCTGGCTTCAGGgtaccaaatc ... ttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctagaatgcaatgcaattatgttggtgtgtaattaaatgttttggttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCGGTGGTGGTGCTGCTGGATCTGATCTTCCTTGAAAAGGACTTTCTTGTT
                           tgtaattaaatgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgccactaggtctttctatcatgagtaatggtggtttcatgattgctagaatgcaatgcaattatgttggtgtgtaattaaatgttttggttatgtacagGGTGGAGCTGGTGGAGCTAGGCAAGGGTTTGGTCGTGGAGCTGGTGGTTTCGGTGGTGGTGCTGCTGGATCTGATCTTCCTTGAAAAGGACTTTCTTGTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aattaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttttgg