Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatcaatttgaatcttcaattctcagtcttgttattgtatcatggttacttgttaagtgttgatatgtgacggtgttgatttggttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGGTCCTAAATCAGGTGGAGAGTATGGTGACAAGGCTGGAGCA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G41520.2
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G41520.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
lower sequence: LOC_Os04g35090.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gta-atcaatttgaatc--ttcaattctcagtcttgttattgtatcatggttacttgttaagtgttgatatg-tgacggtgttgatttggttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGG---AGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGGTCCT---AAATCAGGTGGAGAGTATGGTGACAAGGCTGGAGCA
 |   |  || ||  |   || || |     | ||  || | | || || ||   ||     || |  |||  ||  | |  |  ||  | | |||  || ||||| |||||   ||| || || |||   |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||       |   ||| || | |||||   ||         
atgtgttgatgtggtttggtttaagttaatctgttcatagtctttcctgatttaatggaggctgattctatactgttgattctctttgcgatgtatgtagGGGCCCGCCTCGCTTTGAAGGGGACAGGCCAAGGTTTGGTGACAGAGATGGGTACCGTGGTGGTCCTCGTGGTGCTCCTGGTGACTTTGGTGGTGAGAAG------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124854919|gb|EH939356.1|EH939356
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|47831362|gb|CK121046.1|CK121046
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|163997036|gb|ES067454.1|ES067454
EST:     CTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|124827588|gb|EH912454.1|EH912454
EST:     CGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGT-CCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|124769407|gb|EH859537.1|EH859537
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAG
EST: gi|164183256|gb|ES108312.1|ES108312
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATG
EST: gi|164208488|gb|ES186650.1|ES186650
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGGAGATGGAT
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAG-AGATGGAT
EST: gi|124905281|gb|EH979361.1|EH979361
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCC-G                         TGGCCCTCCTCGTGGTGA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGA
EST: gi|116406681|gb|EG449273.1|EG449273
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATG
EST: gi|124962906|gb|EL037278.1|EL037278
EST:     CGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|164055570|gb|EL990942.1|EL990942
EST:     CCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|125269305|gb|EL283390.1|EL283390
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGGAGAGAGGGAGGTTTGGTGACAGAGA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGG-AGAGAGG-AGGTTTGGTGACAGAGA
EST: gi|164178122|gb|ES041060.1|ES041060
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|125212890|gb|EL227844.1|EL227844
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTAGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGA
EST: gi|124789749|gb|EH879428.1|EH879428
EST:     TGGTGACCGTCCCCG                         TGG-CCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: TGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|125069380|gb|EL135178.1|EL135178
EST:     CCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|124952912|gb|EL028145.1|EL028145
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGGAGGTTTGGTGACAGAGATGG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGG-AGGTTTGGTGACAGAGATGG
EST: gi|124905479|gb|EH979559.1|EH979559
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAG
EST: gi|124955427|gb|EL030441.1|EL030441
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCC-G                         TGGCCCTCCTCGTGGTG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTG
EST: gi|125167665|gb|EL192840.1|EL192840
EST:     GGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: GGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|163983478|gb|ES132228.1|ES132228
EST:     TGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: TGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|124859933|gb|EH944370.1|EH944370
EST:     CAACAGAAG-CTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAG
EST: gi|124746479|gb|EH836807.1|EH836807
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTT
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTT
EST: gi|124866517|gb|EH950954.1|EH950954
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGA
EST: gi|125316455|gb|EL330540.1|EL330540
EST:     TGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: TGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|164094569|gb|ES095134.1|ES095134
EST:     GAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: GAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|125014907|gb|EL087176.1|EL087176
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|164008911|gb|ES174723.1|ES174723
EST:     TTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: TTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|47827937|gb|CK117621.1|CK117621
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|125014036|gb|EL086305.1|EL086305
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGG
EST: gi|124924950|gb|EL002997.1|EL002997
EST:     TGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: TGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|125222745|gb|EL236830.1|EL236830
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGG
EST: gi|164236724|gb|ES118487.1|ES118487
EST:     GAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: GAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|164231518|gb|EL984636.1|EL984636
EST:     GGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: GGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|124721330|gb|EH812732.1|EH812732
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGA
EST: gi|116476370|gb|EG518962.1|EG518962
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|124787317|gb|EH876996.1|EH876996
EST:     CCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|125185431|gb|EL200385.1|EL200385
EST:     GACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: GACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|125294519|gb|EL308604.1|EL308604
EST:     AAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGAACAGAGATGGAT
genomic: AAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGA-CAGAGATGGAT
EST: gi|164048464|gb|ES140630.1|ES140630
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGT
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGT
EST: gi|124973471|gb|EL047101.1|EL047101
EST:     TGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGANGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGAAT
genomic: TGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGA-T
EST: gi|164097024|gb|EL982119.1|EL982119
EST:     CTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|116406665|gb|EG449257.1|EG449257
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATG
EST: gi|124896957|gb|EH973171.1|EH973171
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGA
EST: gi|164001066|gb|ES174663.1|ES174663
EST:     TGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: TGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|124927096|gb|EL004864.1|EL004864
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGA
EST: gi|164237045|gb|ES056178.1|ES056178
EST:     CGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCNCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: CGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|164189815|gb|ES132148.1|ES132148
EST:     AGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
genomic: AGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATA
EST: gi|125304076|gb|EL318161.1|EL318161
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTG
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTG
EST: gi|124917961|gb|EH991835.1|EH991835
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGTGATGGA
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGA
EST: gi|125098389|gb|EL154551.1|EL154551
EST:     CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCG                         TGGCCCTCCTCGTGGT
genomic: CAACAGAAGCCTCTTGGTCGACCTTTTGGAGGTGGTGGTGACCGTCCCCGgtaatcaatt ... ttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcatggttacttgttaagtgttgatatgtgacggtgttgatttggttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGGTCCTAAATCAGGTGGAGAGTATGGTGACAAGGCTGGAGCA
                                  tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                             ttttataca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatcaatttgaatcttcaattctcagtcttgttattgtatcatggttacttgttaagtgttgatatgtgacggtgttgatttggttttatacagTGGCCCTCCTCGTGGTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGTGGAGGTCCTAAATCAGGTGGAGAGTATGGTGACAAGGCTGGAGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA