Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctttttacttacgcaacttcaaaattcatcttgtggacttgtgggttagtttaaagatctaagctttaggtaatgaatgatgttatgaattgagataacatagaaagttatactcttgatgatttatattgctctactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAATGAATATATATCATGTGAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G39930.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT5G39930.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA20G38670.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
gtatgctttttacttacgcaacttcaaaattcatcttgtggacttgtgggttagtttaaagatctaagctttaggtaatgaatgatgttatgaattgagataacatagaaagttatactcttgatgatttatattgctctactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAATGAATATATATCATGTGAG
                                                             ||||    ||||  |    | || |||||    |  |  |    |      || |  |    |  || | | ||  ||| || ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||   || | || ||| ||||   ||  ||||
----------------------------------------------------------gtaatctc--ttttatatccgcattgctgttacatttacatgtctattttcttctttttataagaaaaatgtttttttttcttct-ttcagGTGTTTACTTGGTATGGTGCAACCATTGAAATGGATGGTGCTACTGAAACTGATTATACTGCAGATGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116437659|gb|EG480251.1|EG480251
EST:     AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCG                         GTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
genomic: AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCGgtatgctttt ... tactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
EST: gi|116437653|gb|EG480245.1|EG480245
EST:     AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCG                         GTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
genomic: AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCGgtatgctttt ... tactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
EST: gi|116437665|gb|EG480257.1|EG480257
EST:     AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCG                         GTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
genomic: AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCGgtatgctttt ... tactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
EST: gi|116437661|gb|EG480253.1|EG480253
EST:     AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCG                         GTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
genomic: AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCGgtatgctttt ... tactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
EST: gi|116437666|gb|EG480258.1|EG480258
EST:     AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCG                         GTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
genomic: AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCGgtatgctttt ... tactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
EST: gi|116437669|gb|EG480261.1|EG480261
EST:     AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACTTCTCATGACATTTGCG                         GTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
genomic: AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCGgtatgctttt ... tactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
EST: gi|116437664|gb|EG480256.1|EG480256
EST:     AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCG                         GTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
genomic: AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCGgtatgctttt ... tactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
EST: gi|116437658|gb|EG480250.1|EG480250
EST:     AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCG                         GTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
genomic: AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCGgtatgctttt ... tactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
EST: gi|116437642|gb|EG480234.1|EG480234
EST:     AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCG                         GTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT
genomic: AACTTCCACATGAAGTTTGGATCACATTTCCACCTCTCATGACATTTGCGgtatgctttt ... tactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgagataacatagaaagttatactcttgatgatttatattgctctactattcagGTTTTTACATGGTATGGTGCAACTATTGAAATAGATGGTATCACAGGAAATGAATATATATCATGTGAG
                                       ttgctct  CT-rich tract
                          ttgatgatttatatt  TA-rich tract