Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tccccaacacttatagagaattttcaacacttctacatatgctcgttaatgcggcgttagttttatgtgttatataatatgaatctgcaacttctttcagGTTAGAGGTGTAAGACCTCTAGCTCTTCCGGAAATGGCAAATCTGTTCAACAGTTTTCATGTGACGATATGCCCTGGGCTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G22770.3
intron # 24
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116477154|gb|EG519746.1|EG519746
EST:     TCCCGCAATGGAGAGCAATCTCAGGTCCACCCTTGAAACTTCAGGAAGTG                         GTTAGAGGTGTAAGACCTCTAGCTCTTCCGGAAATGGCAAATCTGTTCAAC
genomic: TCCCGCAATGGAGAGCAATCTCAGGTCCACCCTTGAAACTTCAGGAAGTGgtatgtatct ... cttctttcagGTTAGAGGTGTAAGACCTCTAGCTCTTCCGGAAATGGCAAATCTGTTCAAC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaatgcggcgttagttttatgtgttatataatatgaatctgcaacttctttcagGTTAGAGGTGTAAGACCTCTAGCTCTTCCGGAAATGGCAAATCTGTTCAACAGTTTTCATGTGACGATATGCCCTGGGCTT
 cgttaat  putative branch site (score: 4)
                                             cttctttc  putative PPT
           ttagttttatgtgtta  TA-rich tract