1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...caaaagtcttaaacttggtctcaactcatctactacgttgaaagattttgggttgattaaaagaattttgatttattttcgtttgtttgatgatgaatagGATTGGTGGATCGGGCTTGGATATGAGAAGCAAAGCAAGG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G16570.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCCACTGACCAGATCATCGCCGAGTACATATG GATTGGTGGATCGGGCTTGGATATGAGAAGCAAAGCAAGGEST: gi|124732188|gb|EH823590.1|EH823590
genomic: TTCCACTGACCAGATCATCGCCGAGTACATATGgttcgtaaat ... tgatgaatagGATTGGTGGATCGGGCTTGGATATGAGAAGCAAAGCAAGG
EST: ACCAGATCATCGCCGAGTACATATG GATTGGTGGATCGGGCTTGGATATGAGAAGCAAAGCAAGG
genomic: ACCAGATCATCGCCGAGTACATATGgttcgtaaat ... tgatgaatagGATTGGTGGATCGGGCTTGGATATGAGAAGCAAAGCAAGG
ttttgggttgattaaaagaattttgatttattttcgtttgtttgatgatgaatagGATTGGTGGATCGGGCTTGGATATGAGAAGCAAAGCAAGG
attaaaagaattttga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caaaagtcttaaacttggtctcaactcatctactacgttgaaagattttgggttgattaaaagaattttgatttattttcgtttgtttgatgatgaatagGATTGGTGGATCGGGCTTGGATATGAGAAGCAAAGCAAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
caaaagt
- - - -cttaaac
- - - - - - - - - - - aactcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gattttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttga