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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGCAAACCGGTCCTTGTGACGGCGTTGGTTTACTTGGTATCGCTTGGGCTTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttgaatcccaccaaaaaccctaacttttacttgtttggttcgttggttttattgttaatctcgttcttgttctcgtcttctcgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G35100.2
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124930497|gb|EL007940.1|EL007940
EST:     CTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: CTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|125250838|gb|EL264923.1|EL264923
EST:     TCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGACCCGTAAG
genomic: TCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGG-CCCGTAAG
EST: gi|86066933|gb|DR362690.1|DR362690
EST:     TTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATTCTCTG                         GTGGTCACATTAAACCCAGCTGGTGACTTTTCGGTCTGTTCTTGGGCCCG
genomic: TTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTAT-CTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAA-CCCAGCTG-TGACTTT-CGGTCTGTTCTTGG-CCCG
EST: gi|116411606|gb|EG454198.1|EG454198
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|86031961|gb|DR327714.1|DR327714
EST:     GGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: GGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|125095079|gb|EL152344.1|EL152344
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTT
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTT
EST: gi|164089929|gb|ES038141.1|ES038141
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCT
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCT
EST: gi|125272527|gb|EL286612.1|EL286612
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|86031965|gb|DR327718.1|DR327718
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|124910120|gb|EH984200.1|EH984200
EST:     CTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: CTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|116409602|gb|EG452194.1|EG452194
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|163989204|gb|ES056923.1|ES056923
EST:     CGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: CGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|124805229|gb|EH892686.1|EH892686
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTT
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTT
EST: gi|125057092|gb|EL126459.1|EL126459
EST:     TGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: TGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|125083426|gb|EL143989.1|EL143989
EST:     TTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGACACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAAC
genomic: TTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTG-CACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAAC
EST: gi|124885734|gb|EH964636.1|EH964636
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAAC
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAAC
EST: gi|86031969|gb|DR327722.1|DR327722
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|125196723|gb|EL211677.1|EL211677
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACAATTAAACCCA
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACA-TTAA-CCCA
EST: gi|125259546|gb|EL273631.1|EL273631
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGG
EST: gi|124728314|gb|EH819716.1|EH819716
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGG
EST: gi|124953720|gb|EL028876.1|EL028876
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACT
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACT
EST: gi|124893166|gb|EH972068.1|EH972068
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTG
EST: gi|86031964|gb|DR327717.1|DR327717
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|125060789|gb|EL129466.1|EL129466
EST:     TTTCGGCGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACC
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACC
EST: gi|124888372|gb|EH967274.1|EH967274
EST:     TTTCGGCGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACC
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACC
EST: gi|124923602|gb|EL001781.1|EL001781
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGG
EST: gi|125091024|gb|EL148847.1|EL148847
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAG
EST: gi|124766995|gb|EH857125.1|EH857125
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAG
EST: gi|124733477|gb|EH824879.1|EH824879
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAG
EST: gi|124836050|gb|EH920489.1|EH920489
EST:     CTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: CTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|124965437|gb|EL039626.1|EL039626
EST:     CCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: CCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|164227383|gb|EL976400.1|EL976400
EST:     CTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: CTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|124728528|gb|EH819930.1|EH819930
EST:     GATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: GATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|116409600|gb|EG452192.1|EG452192
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|152038095|gb|BP807949.2|BP807949
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGAACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|164101466|gb|ES113875.1|ES113875
EST:     GTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: GTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|124925178|gb|EL003195.1|EL003195
EST:     CTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: CTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|124821955|gb|EH906821.1|EH906821
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGAAACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAA
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGA--CTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAA
EST: gi|124769457|gb|EH859587.1|EH859587
EST:     CCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: CCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
EST: gi|125241566|gb|EL255651.1|EL255651
EST:     TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTG                         GTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG
genomic: TTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGgtaagtttga ... cttctcgtagGTGGTCACATTAACCCAGCTGTGACTTTCGGTCTGTTCTTGGCCCGTAAGG