Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGCGTTTGCTTTGCATGGGACAATGGTGGTGATTGTGCTTCACTTACCAATAAAAACAATCAGTCTCATCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGGgtaagctcctctggaccttaccacataatgtttctaatttctcgattcttgaacaaaatgtgcctaataagggatatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G32670.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116426637|gb|EG469229.1|EG469229
EST:     TTTTCCCTCTCCAATTTGG                         GGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGTTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
genomic: TTTTCCCTCTCCAATTTGGgtaagctcct ... ggatatgcagGGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
EST: gi|116426642|gb|EG469234.1|EG469234
EST:     TCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGG                         GGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
genomic: TCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGGgtaagctcct ... ggatatgcagGGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
EST: gi|116426631|gb|EG469223.1|EG469223
EST:     GTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGG                         GGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
genomic: GTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGGgtaagctcct ... ggatatgcagGGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
EST: gi|116426640|gb|EG469232.1|EG469232
EST:     CAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGG                         GGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
genomic: CAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGGgtaagctcct ... ggatatgcagGGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
EST: gi|116426657|gb|EG469249.1|EG469249
EST:     ATAAAAACAATCAGTCTCATCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGG                         GGTGTACGAGGATGAG
genomic: ATAAAAACAATCAGTCTCATCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGGgtaagctcct ... ggatatgcagGGTGTACGAGGATGAG
EST: gi|116426651|gb|EG469243.1|EG469243
EST:     ATAAAAACAATCAGTCTCATCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGG                         GGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGCGCCT
genomic: ATAAAAACAATCAGTCTCATCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGGgtaagctcct ... ggatatgcagGGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
EST: gi|116426656|gb|EG469248.1|EG469248
EST:     ATAAAAACAATCAGTCTCATCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGG                         GGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
genomic: ATAAAAACAATCAGTCTCATCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGGgtaagctcct ... ggatatgcagGGTGTACGAGGATGAGTTTGTGTTTGGCTTACTTGTTGCTTATATGTGCCT
EST: gi|116426653|gb|EG469245.1|EG469245
EST:     ATAAAAACAATCAGTCTCATCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGG                         GGTGTACGAGGATG
genomic: ATAAAAACAATCAGTCTCATCAGCCAGTCCTTTTTCCCTCTCCAATTTGGgtaagctcct ... ggatatgcagGGTGTACGAGGATG