Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCTGTTGTTATATCAGATGATTTGGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactgagatcttgatatgcttggtaacacaaagacttgtatgtacttgatggaatgagatatgtaactagtgaagtgtttgatgaattttggcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G27450.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116377985|gb|EG420577.1|EG420577
EST:     GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG                         GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: gi|116459966|gb|EG502558.1|EG502558
EST:     GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTACTCCATTTCCTACAG                         GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: gi|116459967|gb|EG502559.1|EG502559
EST:     GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTACTCCATTTCCTACAG                         GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: gi|116428956|gb|EG471548.1|EG471548
EST:     GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTGCAG                         GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: gi|164006185|gb|ES122565.1|ES122565
EST:     GGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG                         GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGC
genomic: GGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGC
EST: gi|124910977|gb|EH985057.1|EH985057
EST:     TGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG                         GGTGTATTTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCACCCAATGA
genomic: TGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: gi|125054355|gb|EL125113.1|EL125113
EST:     GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG                         GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAA
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAA
EST: gi|163985547|gb|ES148430.1|ES148430
EST:     GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG                         GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: gi|86079734|gb|DR375491.1|DR375491
EST:     GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG                         GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCTGTTGTTATATCAGATGATTTGGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactgagatcttgatatgcttggtaacacaaagacttgtatgtacttgatggaatgagatatgtaactagtgaagtgtttgatgaattttggcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG