1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
CTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCTGTTGTTATATCAGATGATTTGGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactgagatcttgatatgcttggtaacacaaagacttgtatgtacttgatggaatgagatatgtaactagtgaagtgtttgatgaattttggcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G27450.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGAEST: gi|116459966|gb|EG502558.1|EG502558
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTACTCCATTTCCTACAG GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGAEST: gi|116459967|gb|EG502559.1|EG502559
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTACTCCATTTCCTACAG GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGAEST: gi|116428956|gb|EG471548.1|EG471548
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTGCAG GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGAEST: gi|164006185|gb|ES122565.1|ES122565
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: GGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCEST: gi|124910977|gb|EH985057.1|EH985057
genomic: GGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGC
EST: TGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG GGTGTATTTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCACCCAATGAEST: gi|125054355|gb|EL125113.1|EL125113
genomic: TGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAAEST: gi|163985547|gb|ES148430.1|ES148430
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAA
EST: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGAEST: gi|86079734|gb|DR375491.1|DR375491
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
EST: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAG GGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
genomic: GGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactga ... attttggcagGGTGTATGTTCCATAGTGAAGGAGGGTTAATGAGCTTTGAGCATCCAATGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCTGTTGTTATATCAGATGATTTGGATGTTATCAAAGAGGGTTGTGCTAAATCTTTTGCTCCATTTCCTACAGgtgatactgagatcttgatatgcttggtaacacaaagacttgtatgtacttgatggaatgagatatgtaactagtgaagtgtttgatgaattttggcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG