Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAGAGGTCCTTATCCAGCTGATCAGGTCGTCAAAGACTTAGACGGTAGCTTTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTGgtactaattcacaaaatcagtccacgcctgttggaactcaatttcaatgtttaaagatttgaataagtcaatttgatgtaattcatgtag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G27450.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116377985|gb|EG420577.1|EG420577
EST:     TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTG                         GGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCT
genomic: TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTGgtactaattc ... attcatgtagGGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCT
EST: gi|116459966|gb|EG502558.1|EG502558
EST:     TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTG                         GGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCT
genomic: TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTGgtactaattc ... attcatgtagGGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCT
EST: gi|116459967|gb|EG502559.1|EG502559
EST:     TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTG                         GGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCT
genomic: TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTGgtactaattc ... attcatgtagGGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCT
EST: gi|116428956|gb|EG471548.1|EG471548
EST:     TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTG                         GGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCT
genomic: TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTGgtactaattc ... attcatgtagGGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCT
EST: gi|125096869|gb|EL153514.1|EL153514
EST:     TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTG                         GGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAG
genomic: TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTGgtactaattc ... attcatgtagGGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAG
EST: gi|86079734|gb|DR375491.1|DR375491
EST:     TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTG                         GGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCT
genomic: TTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTGgtactaattc ... attcatgtagGGATCTGATGGAGGGGTGAAGCTATACTGGGGCATAGCTGCTGATGGATCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAGAGGTCCTTATCCAGCTGATCAGGTCGTCAAAGACTTAGACGGTAGCTTTTCCTTTGTGGTTTATGATAGCAAAGCCGGCTCTGTCTTCACTGCTCTGgtactaattcacaaaatcagtccacgcctgttggaactcaatttcaatgtttaaagatttgaataagtcaatttgatgtaattcatgtag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG