1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gcattgcataaaatgagaaacttgaaacttgattttaaatgtggtagctttttgattgcataaccaggtttcgtaacttaatttggggtatgttgtgcagATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTATCGATAATATTCTGCGGATACATAGTTTACGATACAGACAATCTGATCA
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT4G02690.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAA ATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTAEST: gi|116380811|gb|EG423403.1|EG423403
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EST: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAA ATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTAEST: gi|116380809|gb|EG423401.1|EG423401
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EST: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAA ATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTAEST: gi|116380817|gb|EG423409.1|EG423409
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EST: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAA ATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTAEST: gi|116380800|gb|EG423392.1|EG423392
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EST: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAA ATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTAEST: gi|116380781|gb|EG423373.1|EG423373
genomic: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAAgtaaagctac ... tgttgtgcagATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTA
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EST: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAA ATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTAEST: gi|116380819|gb|EG423411.1|EG423411
genomic: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAAgtaaagctac ... tgttgtgcagATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTA
EST: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAA ATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTAEST: gi|116380788|gb|EG423380.1|EG423380
genomic: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAAgtaaagctac ... tgttgtgcagATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTA
EST: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAA ATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTA
genomic: CCTTCTTGTTTGGCGCTCTCACCGTGCTTATTTTCTTCGCCTTAATACAAgtaaagctac ... tgttgtgcagATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTA
agctttttgattgcataaccaggtttcgtaacttaatttggggtatgttgtgcagATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTATCGATAATATTCTGCGGATACATAGTTTACGATACAGACAATCTGATCA
taacttaattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcattgcataaaatgagaaacttgaaacttgattttaaatgtggtagctttttgattgcataaccaggtttcgtaacttaatttggggtatgttgtgcagATTTTGTTCCCATTAGGGAGGGTATCAGTGATGATCTATGGTTGTTTGGTATCGATAATATTCTGCGGATACATAGTTTACGATACAGACAATCTGATCA
- - - cataaaa
- - - - - - - gagaaac
- - - - - - - - - - -ttgaaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ataacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtttcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatttgg