Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgacttgatcaaccacttttggttacctgttaaggatccattaggcaacaaagttctgtttttgctattggggaactagctcttagcaaatttcatctctcagttttttctatgattctgattgtgtatatgtttaaagcttattctgtgttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGCTCACATTATATACTTTTTGGGCTGCTAGGAAAGGATATGACTTTAATTT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT4G02690.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116382159|gb|EG424751.1|EG424751
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGG
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGG
EST: gi|116380786|gb|EG423378.1|EG423378
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCCC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116382161|gb|EG424753.1|EG424753
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380809|gb|EG423401.1|EG423401
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380817|gb|EG423409.1|EG423409
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380821|gb|EG423413.1|EG423413
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380800|gb|EG423392.1|EG423392
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380830|gb|EG423422.1|EG423422
EST:     CACTTTGGCCCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380781|gb|EG423373.1|EG423373
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116382158|gb|EG424750.1|EG424750
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380804|gb|EG423396.1|EG423396
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380843|gb|EG423435.1|EG423435
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380798|gb|EG423390.1|EG423390
EST:     CTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380832|gb|EG423424.1|EG423424
EST:     CACTTTGGCCCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380841|gb|EG423433.1|EG423433
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTC
EST: gi|116380787|gb|EG423379.1|EG423379
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380819|gb|EG423411.1|EG423411
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380788|gb|EG423380.1|EG423380
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
EST: gi|116380836|gb|EG423428.1|EG423428
EST:     CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATG                         GGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC
genomic: CACTTTGGCTCTGGCTTTTGTTGTTGGATTAACATGTGCCTTCACCAATGgtatgacttg ... ttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttctatgattctgattgtgtatatgtttaaagcttattctgtgttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGCTCACATTATATACTTTTTGGGCTGCTAGGAAAGGATATGACTTTAATTT
          ttctgat  putative branch site (score: 3)
                   tgtatatgtttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgacttgatcaaccacttttggttacctgttaaggatccattaggcaacaaagttctgtttttgctattggggaactagctcttagcaaatttcatctctcagttttttctatgattctgattgtgtatatgtttaaagcttattctgtgttggacacagGGAAAGTGATTCTCGAGTCAGTGATCTTGACATCGGTAGTGGTGCTTTCGCTCACATTATATACTTTTTGGGCTGCTAGGAAAGGATATGACTTTAATTT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT