1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gttcggtcttttattagttgctcatacatttatacatttctcgagtctttcttacttttcaacagtcttcaggggtttataggtaaagtttttaccaattgtagGTAGGCCAATTAAGAGCCGAGCATTCAACTTTAATTAATCGTCTTAGTGACATGAATCATAAGTATGATGCAGCTGCTGTTGACAACAGAATTCTAAGAG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G54620.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGAAAGCAAGAACAAATGAATGAATTTGATACACAG GTAGGCCAATTAAGAGCCGAGCATTCAACTTTAATTAATCGEST: gi|86088111|gb|DR383870.1|DR383870
genomic: AAGAAAGCAAGAACAAATGAATGAATTTGATACACAGgttcggtctt ... ccaattgtagGTAGGCCAATTAAGAGCCGAGCATTCAACTTTAATTAATCG
EST: GGCGCTCTAGGAGAAGAAAGCAAGAACAAATGAATGAATTTGATACACAG GTAGGCCAATTAAGAGCCGAGCATTCAACTTTAATTAATCGTCTTAGTGACEST: gi|124720871|gb|EH812273.1|EH812273
genomic: GGCGCTCTAGGAGAAGAAAGCAAGAACAAATGAATGAATTTGATACACAGgttcggtctt ... ccaattgtagGTAGGCCAATTAAGAGCCGAGCATTCAACTTTAATTAATCGTCTTAGTGAC
EST: AAAGCAAGAACAAATGAATGAATTTGATACACAG GTAGGCCAATTAAGAGCCGAGCATTCAACTTTAATTAATCG
genomic: AAAGCAAGAACAAATGAATGAATTTGATACACAGgttcggtctt ... ccaattgtagGTAGGCCAATTAAGAGCCGAGCATTCAACTTTAATTAATCG
tcttacttttcaacagtcttcaggggtttataggtaaagtttttaccaattgtagGTAGGCCAATTAAGAGCCGAGCATTCAACTTTAATTAATCGTCTTAGTGACATGAATCATAAGTATGATGCAGCTGCTGTTGACAACAGAATTCTAAGAG
ttcttac putative branch site (score: 2)
tttttacc putative PPT
taaagttttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcggtcttttattagttgctcatacatttatacatttctcgagtctttcttacttttcaacagtcttcaggggtttataggtaaagtttttaccaattgtagGTAGGCCAATTAAGAGCCGAGCATTCAACTTTAATTAATCGTCTTAGTGACATGAATCATAAGTATGATGCAGCTGCTGTTGACAACAGAATTCTAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT