Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tactcctttcataaatccactgccttagatttttgtagattaatcttcagtttagtgagttttgactgacattcatttgccatgtacaccaactgaatagGTAAAGATCTTCATTGGTATGCTAGAGATAAAAAGCAAAAGGGTTCCGAGATGGATGCTATGAAAGAAGAGATTCAAAGAGTTAAGGAACAAGAGGAGCA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G52220.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|301503170|gb|HO208710.1|HO208710
EST:     GAACTATTTGGGTCACAGTATCAAAGCCCCTGTTGGAAGATGGCAAAAAG                         GTAAAGATCTTCATTGGTATGCTAGATATAAAAAGCAAAAGGGTTCCGAGA
genomic: GAACTATTTGGGTCACAGTATCAAAGCCCCTGTTGGAAGATGGCAAAAAGgtactttttc ... aactgaatagGTAAAGATCTTCATTGGTATGCTAGAGATAAAAAGCAAAAGGGTTCCGAGA
EST: gi|164114491|gb|EL980727.1|EL980727
EST:     GAACTATTTGGGTCACAGTATCAAAGCCCCTGTTGGAAGATGACAAAAAG                         GTAAAGATCTTCATTGGTA
genomic: GAACTATTTGGGTCACAGTATCAAAGCCCCTGTTGGAAGATGGCAAAAAGgtactttttc ... aactgaatagGTAAAGATCTTCATTGGTA
EST: gi|301502507|gb|HO208047.1|HO208047
EST:     GAACTATTTGGGTCACAGTATCAAAGCCCCTGTTGGAAGATGGCAAAAAG                         GTAAAGATCTTCATTGGTATGCTAGAGATAAAAAGCAAAAGGGTTCCGAGA
genomic: GAACTATTTGGGTCACAGTATCAAAGCCCCTGTTGGAAGATGGCAAAAAGgtactttttc ... aactgaatagGTAAAGATCTTCATTGGTATGCTAGAGATAAAAAGCAAAAGGGTTCCGAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcagtttagtgagttttgactgacattcatttgccatgtacaccaactgaatagGTAAAGATCTTCATTGGTATGCTAGAGATAAAAAGCAAAAGGGTTCCGAGATGGATGCTATGAAAGAAGAGATTCAAAGAGTTAAGGAACAAGAGGAGCA
                  gactgac  putative branch site (score: 2)
                         attcattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tactcctttcataaatccactgccttagatttttgtagattaatcttcagtttagtgagttttgactgacattcatttgccatgtacaccaactgaatagGTAAAGATCTTCATTGGTATGCTAGAGATAAAAAGCAAAAGGGTTCCGAGATGGATGCTATGAAAGAAGAGATTCAAAGAGTTAAGGAACAAGAGGAGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - aaatcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatgta