1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtgagtttttataagcctgtatttcttttggagatgacggaaggattgtgcttaagctagttttttttggtaattagGTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCGGGAGTTTGACATGGCTGCAGAGCTTCTTATGAGGCAGCTGCTCAAATTGG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G51780.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGCTGCTGTTAACGCGGTTACAGGAGAGGTCGATAAGCTCTCGGATAGA GTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCGGEST: gi|125008547|gb|EL080816.1|EL080816
genomic: TTGCTGCTGTTAACGCGGTTACAGGAGAGGTCGATAAGCTCTCGGATAGAgtgagttttt ... tggtaattagGTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCGG
EST: TTGCTGCTGTTAACGCGGTTACAGGAGAGGTCGATAAGCTCTCGGATAGA GTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGGEST: gi|86024173|gb|DR319926.1|DR319926
genomic: TTGCTGCTGTTAACGCGGTTACAGGAGAGGTCGATAAGCTCTCGGATAGAgtgagttttt ... tggtaattagGTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGG
EST: TTGCTGCTGTTAACGCGGTTACAGGAGAGGTCGATAAGCTCTCGGATAGA GTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCGGEST: gi|86044249|gb|DR340004.1|DR340004
genomic: TTGCTGCTGTTAACGCGGTTACAGGAGAGGTCGATAAGCTCTCGGATAGAgtgagttttt ... tggtaattagGTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCGG
EST: TTGCTGCTGTTAACGCGGTTACAGGAGAGGTCGATAAGCTCTCGGATAGA GTTGTTGCTTTAGAAAGTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCGEST: gi|125193393|gb|EL208347.1|EL208347
genomic: TTGCTGCTGTTAACGCGGTTACAGGAGAGGTCGATAAGCTCTCGGATAGAgtgagttttt ... tggtaattagGTTGTTGCTTTAGAA-GTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCG
EST: CGGTTACAGGAGAGGTCGATAAGCTCTCGGATAGA GTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCGG
genomic: CGGTTACAGGAGAGGTCGATAAGCTCTCGGATAGAgtgagttttt ... tggtaattagGTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCGG
ttcttttggagatgacggaaggattgtgcttaagctagttttttttggtaattagGTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCGGGAGTTTGACATGGCTGCAGAGCTTCTTATGAGGCAGCTGCTCAAATTGG
tttttttt CT-rich tract
ttttttttggtaatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagtttttataagcctgtatttcttttggagatgacggaaggattgtgcttaagctagttttttttggtaattagGTTGTTGCTTTAGAAGTTGCTGTGAATGGAGGGACGCAAGTTGCGGTGCGGGAGTTTGACATGGCTGCAGAGCTTCTTATGAGGCAGCTGCTCAAATTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT