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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatctgttccagtttttttagagtgtattattgagcaatccaacgagcttgattaaccagagaggaaatgcttttaaacaagtcgttacttgtaaaaatatttatgatgtgcattttttgcttctgtgcatcctctttgaaagaatagCTTGGCTCGCCAATGTGCCCAACTGTGGTTAGCGACACGTGAGTCTCTTGGACATCCTCTTGGTGTTGCCTCCGAACCAGTTCCTCCCGTTTGTCACAGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G48110.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86071352|gb|DR367109.1|DR367109
EST:     GGTTTCATTGGCGTAACTGAACGTGCTCGTTATTTCGGTCGAATGCGTAG                         CTTGGCTCGCCAATGTGCCCAACTGTGGTTAGCGACACGTGAGTCTCTTGG
genomic: GGTTTCATTGGCGTAACTGAACGTGCTCGTTATTTCGGTCGAATGCGTAGgtaagatctg ... gaaagaatagCTTGGCTCGCCAATGTGCCCAACTGTGGTTAGCGACACGTGAGTCTCTTGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaaaatatttatgatgtgcattttttgcttctgtgcatcctctttgaaagaatagCTTGGCTCGCCAATGTGCCCAACTGTGGTTAGCGACACGTGAGTCTCTTGGACATCCTCTTGGTGTTGCCTCCGAACCAGTTCCTCCCGTTTGTCACAGA
                                     tcctctttg  CT-rich tract
     tatttatgat  TA-rich tract