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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgtgcaacttttgtgatgtttatctttttcgatttcccagctcttaaaatatcttacgggtccagttcttgaaacaacgttttatccttttttacagGTTGACAACGGAGTAAGCCCTGAAGTAGTTAGGTCTGTCCTAGCAGAGCGTGGAAACAATCCTTGTCTGGCAGCACGGACTGCATACAAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G48110.1
intron # 28
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125193013|gb|EL207967.1|EL207967
EST:     GTGTATCAATTTGTTACTCGAAGACTGGAAACAGCTATTG                         GTTGACAACGGAGTAAGCCCT
genomic: GTGTATCAATTTGTTACTCGAAGACTGGAA-CAGCTATTGgttcgtgcaa ... ttttttacagGTTGACAACGGAGTAAGCCCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttaaaatatcttacgggtccagttcttgaaacaacgttttatccttttttacagGTTGACAACGGAGTAAGCCCTGAAGTAGTTAGGTCTGTCCTAGCAGAGCGTGGAAACAATCCTTGTCTGGCAGCACGGACTGCATACAAG
        atcttac  putative branch site (score: 3)
                                   cgttttatcctttttt  putative PPT
                                     ttttatcctttttta  TA-rich tract