Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtttacttggctactcttgcttctctatgctttatatggcttcggaaagatgttaatatgcaaaatatttgtaaataaagtaactatctgtttcatcttcaaaatgcagTGGAAATGTATCTTGTGGACTTCGCAATACTGCTTCAGCATCACTGTTG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G48110.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164211515|gb|ES166053.1|ES166053
EST:     GCCTTACATGGTGATCTGGTTGTGCCATTCTCCTTTGCTGGCATCTCAAG                         TGGAAATGTATCTTGTGGACTTCGCAATACTGC
genomic: GCCTTACATGGTGATCTGGTTGTGCCATTCTCCTTTGCTGGCATCTCAAGgtacgtttac ... caaaatgcagTGGAAATGTATCTTGTGGACTTCGCAATACTGC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatatgcaaaatatttgtaaataaagtaactatctgtttcatcttcaaaatgcagTGGAAATGTATCTTGTGGACTTCGCAATACTGCTTCAGCATCACTGTTG
                       aagtaac  putative branch site (score: 2)
                                tctgtttcatcttc  putative PPT
       aaaatatttgtaaata  TA-rich tract