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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATACAAATCTTCCCGCTCCATTCTTCACTCTCCCACAACTTAAGGCCAGTTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTGgtaataaattattacgagatatattaaataagtttaaatactttattgttaacgtatcgcttattttggttag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G32980.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116456495|gb|EG499087.1|EG499087
EST:     TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTG                         GTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGTCAATTTATTATGGATAGACTAT
genomic: TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTGgtaataaatt ... ttttggttagGTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
EST: gi|116439430|gb|EG482022.1|EG482022
EST:     TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTG                         GTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
genomic: TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTGgtaataaatt ... ttttggttagGTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
EST: gi|116458144|gb|EG500736.1|EG500736
EST:     TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTG                         GTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
genomic: TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTGgtaataaatt ... ttttggttagGTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
EST: gi|116439429|gb|EG482021.1|EG482021
EST:     TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTG                         GTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
genomic: TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTGgtaataaatt ... ttttggttagGTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
EST: gi|116458143|gb|EG500735.1|EG500735
EST:     TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTG                         GTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
genomic: TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTGgtaataaatt ... ttttggttagGTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
EST: gi|116458138|gb|EG500730.1|EG500730
EST:     TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTG                         GTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
genomic: TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTGgtaataaatt ... ttttggttagGTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
EST: gi|116422995|gb|EG465587.1|EG465587
EST:     TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTG                         GTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
genomic: TTTTCAAAATGTTGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGCACTCTCTGgtaataaatt ... ttttggttagGTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTAT
EST: gi|124732484|gb|EH823886.1|EH823886
EST:     TGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTGTCACTCTCTG                         GTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTA
genomic: TGGACTTGACCGTCCCTCTGATCTCGTTG-CACTCTCTGgtaataaatt ... ttttggttagGTGGTCACACATTTGGTAAAAACCAGTGCCAATTTATTATGGATAGACTA