Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGATATAGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttggccatatgtacatagatttcctaattctgtctctttgtttagactttagttgcttacaacttctcatctcttttttgtctgtgttgcggatcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G28480.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86032585|gb|DR328338.1|DR328338
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAG
EST: gi|86032582|gb|DR328335.1|DR328335
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
EST: gi|86032583|gb|DR328336.1|DR328336
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCA
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCA
EST: gi|86032569|gb|DR328322.1|DR328322
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAA-TATTGCATTATGAGAATGGTCAA
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAA
EST: gi|86032587|gb|DR328340.1|DR328340
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
EST: gi|116452355|gb|EG494947.1|EG494947
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
EST: gi|86032563|gb|DR328316.1|DR328316
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAA
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAA
EST: gi|86032580|gb|DR328333.1|DR328333
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
EST: gi|86032588|gb|DR328341.1|DR328341
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
EST: gi|86032570|gb|DR328323.1|DR328323
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
EST: gi|86032575|gb|DR328328.1|DR328328
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
EST: gi|86032578|gb|DR328331.1|DR328331
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAA
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAA
EST: gi|86032568|gb|DR328321.1|DR328321
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
EST: gi|86032577|gb|DR328330.1|DR328330
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
EST: gi|86032576|gb|DR328329.1|DR328329
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
EST: gi|86032566|gb|DR328319.1|DR328319
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAA
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAA
EST: gi|86032589|gb|DR328342.1|DR328342
EST:     AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAG                         AGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG
genomic: AGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttgg ... tgcggatcagAGAATGGTGAATCCATGCAAATATTGCATTATGAGAATGGTCAAAAGTATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATGATATAGTAAGTAATGTGGAGGCAAAACTTGCTGCGTGGACCTTTCTTCCCGAAGgtatttttggccatatgtacatagatttcctaattctgtctctttgtttagactttagttgcttacaacttctcatctcttttttgtctgtgttgcggatcag

- - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC