Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTACTTATGTTGTGCCTAAGAGAGGAAACTATATGGTTAATATTGAATGCAATGGGAATGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGCCAAGgtaatgaatcttatcgtttccattgatgtttcgtttatgtatataggctttgtttgatggtaaaggtgttgtctttatggaattttgtaacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G23900.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT3G23900.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA08G11590.1 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GTTACTTATGTTGTGCCTAAGAGAGGAAACTATATGGTTAATATTGAATGCAATGGGAATGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGC-CA--AGgtaatgaatctt-atcgtttccattgatgtttcgtttatgtatataggctttgtttg-atggtaaaggtgttgtctttatggaattttgtaacag-----
   |||||||| ||||| |||||||| || |||||||||| | |||| || |||||||   |||||||||| |||||||||||||| || || ||  ||  ||||| |  ||| | | |    ||  || | |   |||| ||  |  | |   | | || || |      ||| || || |     | |||     |     
---ACTTATGTGGTGCCAAAGAGAGGGAATTATATGGTTAGTGTTGAGTGTAATGGGAGGCCTATCATGGGGAGTCCCTTTCCTGTGTTTTTCAGTGCAGCAGgtactacatcatgaccaaaccctatgctttacagtttttgcttgaatgtaatatatgtattgcctcaatgtggttttgagttgttcttggtttggttagt

upper sequence: AT3G23900.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA05G28570.2 (Glycine max), 5'ss of exon 1
GTTACTTATGTTGTGCCTAAGAGAGGAAACTATATGGTTAATATTGAATGCAATGGGAATGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGC-CA--AGgta----atgaatcttatcgtttccattgatgtttcgtttatgtatataggctttgtttgatggtaaaggtgttgtctttatggaattttgtaacag---
   |||||||| |||||||||||||| || |||||||| | | |||| || |||||||   |||||||||| || || |||||||| || || ||  ||  |||||    ||     |||| ||||    |  |  ||  |||   | ||  |  |   ||||     || |  ||||| || |     | |||     |   
---ACTTATGTGGTGCCTAAGAGAGGGAATTATATGGTCAGTGTTGAGTGTAATGGGAGGCCTATCATGGGGAGCCCATTTCCTGTGTTTTTCAGTGCAGCAGgtactacatatgctttatggtttttgctttttctttttttgaatgtagtgtatgcatttgcctcaaatgtggttgttttgagttgttcttggtttggttt
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|164001624|gb|EL999941.1|EL999941
EST:     CAATGGGAATGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGCCAAG                         GGTCTTCTTCTACTGGACTGATGGGTTCTGCTCCAGCTTCATA
genomic: CAATGGGAATGCTATCATGGGAAGTCCCTTTCCTGTCTTCTTTAGCCAAGgtaatgaatc ... tttgtaacagGGTCTTCTTCTACTGGACTGATGGGTTCTGCTCCAGCTTCATA