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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgatggaaaccaactatagattgtcatgtatgactagattgttttattttttcttcaacatttcccatttgagcttataagtttcgttctttcttgcagCAAAATGTCTCAGAAGGTTACTCCATTCATGCAGTCACTTAAATCTTTGCCAGCAGACTATAGATTTGATGGTTCACCAGTCTCTGACCGCCTTGAAAAT

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G19960.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|124783905|gb|EH873689.1|EH873689
EST:     GTGCTGCTGATTGGCTTTGCTCTAATTTTGGAAG                         CAAAATGTCTCAGAAGGTTACTCCATTCATGCAGTCACTTAAATCTTTGCC
genomic: GTGCTGCTGATTGGCTTTGCTCTAATTTTGGAAGgtatttaaag ... tttcttgcagCAAAATGTCTCAGAAGGTTACTCCATTCATGCAGTCACTTAAATCTTTGCC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattttttcttcaacatttcccatttgagcttataagtttcgttctttcttgcagCAAAATGTCTCAGAAGGTTACTCCATTCATGCAGTCACTTAAATCTTTGCCAGCAGACTATAGATTTGATGGTTCACCAGTCTCTGACCGCCTTGAAAAT
                                     tttcgttctttcttgc  CT-rich tract
                              ttataagttt  TA-rich tract