1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtattatattcttccagaatctcttatgtggattactcaattagaagtgtttaatttgttatctttctctaactcgttggttttgttatttgtgaattggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACCTTATTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAGCTTT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT3G03780.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAG ACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACCEST: gi|86057390|gb|DR353147.1|DR353147
genomic: CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGgtattatatt ... attggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACC
EST: CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAG ACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTTCACACTGCCGTTGACCEST: gi|124957144|gb|EL032008.1|EL032008
genomic: CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGgtattatatt ... attggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACC
EST: CATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAG ACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACCEST: gi|125271270|gb|EL285355.1|EL285355
genomic: CATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGgtattatatt ... attggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACC
EST: CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAG ACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCT
genomic: CGCTGCCTCTCTCATCACCTTGCAGTCACTTGAGGGTGTTGTTGGTAAAGgtattatatt ... attggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCT
ttaatttgttatctttctctaactcgttggttttgttatttgtgaattggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACCTTATTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAGCTTT
ctctaac putative branch site (score: 2)
ttttgttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattatattcttccagaatctcttatgtggattactcaattagaagtgtttaatttgttatctttctctaactcgttggttttgttatttgtgaattggtgcagACAAGCTTGTGGTCTCAACCTCTTGCTCTCTTCTCCACACTGCCGTTGACCTTATTAACGAGACTAAGCTTGATGCTGAAATCAAGTCGTGGCTAGCTTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG