Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCACAATTATGGGCTAGACCTCTTTCTCTTGTCCATAGATGAAGGGATTACGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAAgtaagcttctttttgaattctatgtgtgttaagtgattgttttatggcggtttttagtttgatgggttctttatttttctcttccag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G44270.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86056680|gb|DR352437.1|DR352437
EST:     CGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAA                         TATGGTTTGCCTCTTAAGATTGTTTCATATAAAGATCTGTATGGATGGACA
genomic: CGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAAgtaagcttct ... tctcttccagTATGGTTTGCCTCTTAAGATTGTTTCATATAAAGATCTGTATGGATGGACA
EST: gi|86056681|gb|DR352438.1|DR352438
EST:     CGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAA                         TATGGTTTGCCTCTTAAGATTGTTTCATATAAAGATCTGTATGGATGGACA
genomic: CGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAAgtaagcttct ... tctcttccagTATGGTTTGCCTCTTAAGATTGTTTCATATAAAGATCTGTATGGATGGACA
EST: gi|86056682|gb|DR352439.1|DR352439
EST:     CGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAA                         TATGGTTTGCCTCTTAAGATTGTTTCATATAAAGATCTGTATGGATGGACA
genomic: CGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAAgtaagcttct ... tctcttccagTATGGTTTGCCTCTTAAGATTGTTTCATATAAAGATCTGTATGGATGGACA
EST: gi|86056679|gb|DR352436.1|DR352436
EST:     CGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAA                         TATGGTTTGCCTCTTAAGATTGTTTCATATAAAGATCTGTATGGATGGACA
genomic: CGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAAgtaagcttct ... tctcttccagTATGGTTTGCCTCTTAAGATTGTTTCATATAAAGATCTGTATGGATGGACA
EST: gi|86056683|gb|DR352440.1|DR352440
EST:     CGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAA                         TATGGTTTGCCTCTTAAGATTGTTTCATATAAAGATCTGTATGGATGGACA
genomic: CGGGTTATCGTGATGATTCTCTTGAGACTGTTAAACGGAACGAAGTCCAAgtaagcttct ... tctcttccagTATGGTTTGCCTCTTAAGATTGTTTCATATAAAGATCTGTATGGATGGACA