Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TATCCAGAACTATTAGGATCACGTCTAGTTCACTTCTGAAACTTTGGTAGTGTCATGCTTAATTCTGGTGTTGGATTGTTTCCTTGTTTCTTTCAATTTGgtaagccaacttcaaaagttcaaagttgattttttgtttaatctgaaactatatttggtttaagacagcgttttgtgttgcaatgtcgcatactagaatc...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G24490.2
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116392121|gb|EG434713.1|EG434713
EST:     TGTCATGCTTAATTCTGGTGTTGGATTGTTTCCTTGTTTCTTTCAATTTG                         GTTTGCGACAGAGAGGGTAAGAGTTATTATGACCAATCACCCACTTGGTGA
genomic: TGTCATGCTTAATTCTGGTGTTGGATTGTTTCCTTGTTTCTTTCAATTTGgtaagccaac ... ttgtcaacagGTTTGCGACAGAGAGGGCAAGAGTTATTATGACCAATCACCCACTTGGTGA
EST: gi|116392125|gb|EG434717.1|EG434717
EST:     TGTCATGCTTAATTCTGGTGTTGGATTGTTTCCTTGTTTCTTTCAATTTG                         GTTTGCGACAGAGAGGGTAAGAGTTATTATGACCAATCACCCACTTGGTGA
genomic: TGTCATGCTTAATTCTGGTGTTGGATTGTTTCCTTGTTTCTTTCAATTTGgtaagccaac ... ttgtcaacagGTTTGCGACAGAGAGGGCAAGAGTTATTATGACCAATCACCCACTTGGTGA
EST: gi|116392122|gb|EG434714.1|EG434714
EST:     TGTCATGCTTAATTCTGGTGTTGGATTGTTTCCTTGTTTCTTTCAATTTG                         GTTTGCGACAGAGAGGGTAAGAGTTATTATGACCAATCACCCACTTGGTGA
genomic: TGTCATGCTTAATTCTGGTGTTGGATTGTTTCCTTGTTTCTTTCAATTTGgtaagccaac ... ttgtcaacagGTTTGCGACAGAGAGGGCAAGAGTTATTATGACCAATCACCCACTTGGTGA