Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgccacattctcttcatcattcttctatatgatttattgcatgactttaagctaattgttaagctcaaaagttttggtgaacgtgatttttagGTGAATGAGCTTGAGATGGAGGTGTATCCCGTTCTTGATGAACTAGCCACAAACATCAGCACCCTTAATCTAGAACACGTGCGCAGGCTAAAAGGTCGTC

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT2G03620.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116400873|gb|EG443465.1|EG443465
EST:     AAGCGTTGGAGCTGGTTTTGGAACTATCTTGCTTGTCTTTAGATGCACAG                         GTGAATGAGCTTGAGATGGAGGTGTATCCCGTTCTTGATGAACTAGCCACA
genomic: AAGCGTTGGAGCTGGTTTTGGAACTATCTTGCTTGTCTTTAGATGCACAGgtatgccaca ... tgatttttagGTGAATGAGCTTGAGATGGAGGTGTATCCCGTTCTTGATGAACTAGCCACA
EST: gi|116400870|gb|EG443462.1|EG443462
EST:     AAGCGTTGGAGCTGGTTTTGGAACTATCTTGCTTGTCTTTAGATGCACAG                         GTGAATGAGCTTGAGATGGAGGTGTATCCCGTTCTTGATGAACTAGCCACA
genomic: AAGCGTTGGAGCTGGTTTTGGAACTATCTTGCTTGTCTTTAGATGCACAGgtatgccaca ... tgatttttagGTGAATGAGCTTGAGATGGAGGTGTATCCCGTTCTTGATGAACTAGCCACA
EST: gi|116400869|gb|EG443461.1|EG443461
EST:     AGCGTTGGAGCTGGTTTTGGAACTATCTTGC-TGTTCTTTAGATGCACAG                         GTGAATGAGCTTGAGATGGAGGTGTATCCCGTTCTTGATGAACTAGCCACA
genomic: AGCGTTGGAGCTGGTTTTGGAACTATCTTGCTTG-TCTTTAGATGCACAGgtatgccaca ... tgatttttagGTGAATGAGCTTGAGATGGAGGTGTATCCCGTTCTTGATGAACTAGCCACA
EST: gi|116400874|gb|EG443466.1|EG443466
EST:     AAGCGTTGGAGCTGGTTTTGGAACTATCTTGCTTGTCTTTAGATGCACAG                         GTGAATGAGCTTGAGATGGAGGTGTATCCCGTTCTTGATGAACTAGCCACA
genomic: AAGCGTTGGAGCTGGTTTTGGAACTATCTTGCTTGTCTTTAGATGCACAGgtatgccaca ... tgatttttagGTGAATGAGCTTGAGATGGAGGTGTATCCCGTTCTTGATGAACTAGCCACA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatgactttaagctaattgttaagctcaaaagttttggtgaacgtgatttttagGTGAATGAGCTTGAGATGGAGGTGTATCCCGTTCTTGATGAACTAGCCACAAACATCAGCACCCTTAATCTAGAACACGTGCGCAGGCTAAAAGGTCGTC
           agctaat  putative branch site (score: 3)
                                                ttttt  putative PPT
              taattgttaa  TA-rich tract