1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaaaaatgttattctcttctcaatgattttgcatatatggtgtaatcattgaaatggtaaagagttagtgaagcaaccaacaatccagcttcaatactcaatccaaatttttatctttcctttgcctgatcagccttacgattgtagaagtttgtgtttgtgtttgaatgagcagGAAAAGAGGAAACCTCCCCCAGTCAAGCAAACCGAGGTGAAGAGGACGAGGAGAGATCGTGGTGAGCTTGAAGCTATAATGTTCAAGCTATTTGAAGGCC
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G75510.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGCTTGGTTTAGTTTCCTCCAATTCCAAG GAAAAGTAGGTAAACCTCCCCCAGTCAAGCAAACCGAGGTGAAGAGGACGAEST: gi|124861548|gb|EH945985.1|EH945985
genomic: AATGCTTGGTTTAGTTTCCTCCAATTCCAAGgtaaaaatgt ... gaatgagcagGAAAAG-AGG-AAACCTCCCCCAGTCAAGCAAACCGAGGTGAAGAGGACGA
EST: ATATGAGGCCCATGCCTGGAATGCTTGGTTTAGTTTCCTCCAATTCCAAG GAAAAGAGGAAACCTCCCC-AGTCAAGCAAEST: gi|86078006|gb|DR373763.1|DR373763
genomic: ATATGAGGCCCATGCCTGGAATGCTTGGTTTAGTTTCCTCCAATTCCAAGgtaaaaatgt ... gaatgagcagGAAAAGAGGAAACCTCCCCCAGTCAAGCAA
EST: ATATGAGGCCCATGCCTGGAATGCTTGGTTTAGTTTCCTCCAATTCCAAG GAAAAGAGGAAACCTCCCCCAGTCAAGCAAACCGAGGTGAAGAGGACGAGG
genomic: ATATGAGGCCCATGCCTGGAATGCTTGGTTTAGTTTCCTCCAATTCCAAGgtaaaaatgt ... gaatgagcagGAAAAGAGGAAACCTCCCCCAGTCAAGCAAACCGAGGTGAAGAGGACGAGG
tttgcctgatcagccttacgattgtagaagtttgtgtttgtgtttgaatgagcagGAAAAGAGGAAACCTCCCCCAGTCAAGCAAACCGAGGTGAAGAGGACGAGGAGAGATCGTGGTGAGCTTGAAGCTATAATGTTCAAGCTATTTGAAGGCC
gccttac putative branch site (score: 3)
tttgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaaaatgttattctcttctcaatgattttgcatatatggtgtaatcattgaaatggtaaagagttagtgaagcaaccaacaatccagcttcaatactcaatccaaatttttatctttcctttgcctgatcagccttacgattgtagaagtttgtgtttgtgtttgaatgagcagGAAAAGAGGAAACCTCCCCCAGTCAAGCAAACCGAGGTGAAGAGGACGAGGAGAGATCGTGGTGAGCTTGAAGCTATAATGTTCAAGCTATTTGAAGGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG