Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGACGCCATTGAAAAACATAGCAAGAGCTGGGAAGGGGTTGATGTTCTAGTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctatataacgcataagccatattcgagttgcttgcattacagaagagcttagaaggaaaacttatacgcatatgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G73140.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116392150|gb|EG434742.1|EG434742
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTG
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTG
EST: gi|116392146|gb|EG434738.1|EG434738
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACC
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACC
EST: gi|116392144|gb|EG434736.1|EG434736
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCA
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCA
EST: gi|116392195|gb|EG434787.1|EG434787
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
EST: gi|116392155|gb|EG434747.1|EG434747
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
EST: gi|116392154|gb|EG434746.1|EG434746
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCT
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCT
EST: gi|116392180|gb|EG434772.1|EG434772
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
EST: gi|116392193|gb|EG434785.1|EG434785
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
EST: gi|116392178|gb|EG434770.1|EG434770
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
EST: gi|116392160|gb|EG434752.1|EG434752
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
EST: gi|116392171|gb|EG434763.1|EG434763
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGA
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGA
EST: gi|116392167|gb|EG434759.1|EG434759
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
EST: gi|116392200|gb|EG434792.1|EG434792
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGTATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTGCTTATAA
EST: gi|116392162|gb|EG434754.1|EG434754
EST:     GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAAC                         GTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTG
genomic: GTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctata ... gcatatgcagGTATGGAGATACCAGTGAAGTCCGAGAGTATAATGTGACGACTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCGACGCCATTGAAAAACATAGCAAGAGCTGGGAAGGGGTTGATGTTCTAGTCTTTGAGAGCTATGTATGGTGGATGCATCAACCTAAGATCAATGCAACgtaagctatataacgcataagccatattcgagttgcttgcattacagaagagcttagaaggaaaacttatacgcatatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGATCA