Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATCATAAGCCTGAGGTTTCGTTGAGTATTGACTTTGAGTGGAAGACTGGTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctctgtgtgtagattatgagaagctgattctgattatatacatagatataacgaaattgttgaagttagtgttaggcttgttactatgttgat...

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G69460.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86070574|gb|DR366331.1|DR366331
EST:     GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGCCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGA
genomic: GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGA
EST: gi|86070571|gb|DR366328.1|DR366328
EST:     GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGCCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGA
genomic: GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGA
EST: gi|125093896|gb|EL151435.1|EL151435
EST:     CTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAACTCGATTCAT
genomic: CTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAACTCGATTCAT
EST: gi|125298060|gb|EL312145.1|EL312145
EST:     TAAGAAGAGTTCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAACTCGATTCAT
genomic: TAAGAAGAG-TCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAACTCGATTCAT
EST: gi|124842255|gb|EH926692.1|EH926692
EST:     CAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAACTCGATTCAT
genomic: CAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAACTCGATTCAT
EST: gi|125050365|gb|EL122634.1|EL122634
EST:     GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAA
genomic: GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAA
EST: gi|124966578|gb|EL040672.1|EL040672
EST:     GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAA
genomic: GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAA
EST: gi|125242212|gb|EL256297.1|EL256297
EST:     CTAAGAAGAGTCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAACTCGATTCAT
genomic: CTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAACTCGATTCAT
EST: gi|86070575|gb|DR366332.1|DR366332
EST:     GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGCCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTG
genomic: GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTG
EST: gi|125284132|gb|EL298217.1|EL298217
EST:     GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTC
genomic: GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTC
EST: gi|125243993|gb|EL258078.1|EL258078
EST:     GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATA
genomic: GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATA
EST: gi|86070576|gb|DR366333.1|DR366333
EST:     GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGCCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTA
genomic: GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTA
EST: gi|86070569|gb|DR366326.1|DR366326
EST:     GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGCCAAGTCGAA                         GTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAACTCGATTCAT
genomic: GTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctc ... tttgtggcagGTTATGGAATTTGAAGTAAAGAGTCTTCTTGATACTGTTAACTCGATTCAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGATCATAAGCCTGAGGTTTCGTTGAGTATTGACTTTGAGTGGAAGACTGGTGTTCAATCTAAAAGCTGGGCTAATGTTGCTAAGAAGAGTCAAGTCGAAgtaagttctctgtgtgtagattatgagaagctgattctgattatatacatagatataacgaaattgttgaagttagtgttaggcttgttactatgttgat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgagaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -taacgaaa