Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAAGAGCAGCAAAGAAGCAAACTTTCAACTCTTTTGATGATTTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttatgttcaggtgtacttgttatagcatcaggttttaatgtgttttttggttcttatatggttacagagttgtgttttttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G43560.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G43560.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
lower sequence: Vv18s0072g00400.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
GTAAGAGCAGCAAAGAAGCAAACTTTCAACTCTTTTGATGATTTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttatgttc------aggtgtacttgttatagcatcaggttttaatgtg-------ttttttggttcttatatggttacagagttgtgttttttgcag
      | ||||||||||||||| ||    || || ||||| ||| |    || ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| | ||       |     |  ||  |||  || |       |  ||       || |||| |  ||| || |    | | |  | |    ||   
---GTTGAAGCAAAGAAGCAAACATTTTCTTCCTTGGATGAATTGCTAGCAAATTCTGAAAAACCTGTTCTGGTAGACTTCTATGCAACTTGgtgagttttttttttttaaaaaaaaaaaatgaaataaaataaatcccatacttgccaccgtttctttgctctttaaatagaaggaaaatgatatgagatg---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125091069|gb|EL148892.1|EL148892
EST:     TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGACTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTG
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAG-CTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTG
EST: gi|86072280|gb|DR368037.1|DR368037
EST:     TTGTTGCAGAATTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
EST: gi|125211839|gb|EL226793.1|EL226793
EST:     AGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
genomic: AGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
EST: gi|86072281|gb|DR368038.1|DR368038
EST:     TTGTTGCAGAATTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGCCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTG
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTG
EST: gi|86088328|gb|DR384087.1|DR384087
EST:     TTGTTGCAGAATTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
EST: gi|125260314|gb|EL274399.1|EL274399
EST:     TGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTATCTATACTCAATGAA
genomic: TGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAA
EST: gi|124718424|gb|EH809826.1|EH809826
EST:     TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAG
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAG
EST: gi|124839381|gb|EH923820.1|EH923820
EST:     GTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGAACTTACTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGT
genomic: GTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGA-CTT-CTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGT
EST: gi|125216540|gb|EL230623.1|EL230623
EST:     TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGG
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGG
EST: gi|86072279|gb|DR368036.1|DR368036
EST:     TTGTTGCAGAATTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
EST: gi|164227158|gb|ES129644.1|ES129644
EST:     TGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGTCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAA
genomic: TGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATG-CTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAA
EST: gi|86072276|gb|DR368033.1|DR368033
EST:     TTGTTGCAGAATTCTGATAAACCTGTACTTGGAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC