Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtttatgttcaggtgtacttgttatagcatcaggttttaatgtgttttttggttcttatatggttacagagttgtgttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACACTGAAAGATATAATTGCAGTTGTGAAAATTGATACTGAGAAGTACCCA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G43560.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G43560.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM5G843368_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
----------gtgagtttatgttcaggtgtacttgttatagcatcaggttttaatgtgttttttggttcttatatggttacagagttgtgttttttgc-agGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACACTGAAAGATATAATTGCAGTTGTGAAAATTGATACTGAGAAGTACCCA
             | ||  |  | ||  ||   ||    |||||    | |  ||   ||   |      ||| ||  |      ||||  || |||  |||||||||||||| ||    ||||| || |||||  | ||||||||||| |   |    || | ||||  |||||||||||||||||||||||||||| | 
agttcatcattcaaattagttatgagcagtctgtgcatgagcattgcctctacatac-ttcagtaacatatatttgcatttgtttttgttcttcttgttagGTGTGGTCCATGCCAATACATGGTTCCCATACTTCAAGAAGTGAGTGAGAAGTTAGGCGACAAAATTCAAGTTGTGAAAATTGATACTGAGAAGTACACT

upper sequence: AT1G43560.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G30740.4 (Glycine max), 3'ss of exon 3
--------------------------------------------------------gtgagtttatgttcaggtgtacttgttatagcatcaggt-tttaatgtgttttttggttcttata-----tggttacagagttgtgtttt---ttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACACTGAAAGATATAATTGCAGTTGTGAAAATTGATACTGAGAAGTACCCA
                                                        |  || || |||| |    |  || ||   |    || | |||  |    |  ||   || ||||     |  | |   |     |   |   || |||||||||||| |||||  ||||||| || |||||||||||||| ||       || || ||||  ||    || ||||| ||||||||||||||||| || 
gtaagttgctccctctctgttttgtcttttctccgtatttgcgtgttgtgtgttatgctaggttttgttaactgatgttttttgaggttgaagttgttttgttaactagttatatcatataacgtctaatgaggaacccaagacctggtttacagGTGTGGTCCTTGTCAATTTATGGTTCCCATACTCAATGAAGTAAGCACTCGGCTTAAGGATAAGATACAGGTGGTGAAGATTGATACTGAGAAGTATCCT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|125091069|gb|EL148892.1|EL148892
EST:     TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGACTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTG
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAG-CTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTG
EST: gi|86072280|gb|DR368037.1|DR368037
EST:     TTGTTGCAGAATTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
EST: gi|125211839|gb|EL226793.1|EL226793
EST:     AGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
genomic: AGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
EST: gi|86072281|gb|DR368038.1|DR368038
EST:     TTGTTGCAGAATTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGCCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTG
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTG
EST: gi|86088328|gb|DR384087.1|DR384087
EST:     TTGTTGCAGAATTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
EST: gi|125260314|gb|EL274399.1|EL274399
EST:     TGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTATCTATACTCAATGAA
genomic: TGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAA
EST: gi|124718424|gb|EH809826.1|EH809826
EST:     TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAG
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAG
EST: gi|124839381|gb|EH923820.1|EH923820
EST:     GTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGAACTTACTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGT
genomic: GTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGA-CTT-CTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGT
EST: gi|125216540|gb|EL230623.1|EL230623
EST:     TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGG
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGG
EST: gi|86072279|gb|DR368036.1|DR368036
EST:     TTGTTGCAGAATTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
EST: gi|164227158|gb|ES129644.1|ES129644
EST:     TGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGTCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAA
genomic: TGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATG-CTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAA
EST: gi|86072276|gb|DR368033.1|DR368033
EST:     TTGTTGCAGAATTCTGATAAACCTGTACTTGGAGACTTCTATGCTACTTG                         GTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC
genomic: TTGTTGCAGAACTCTGATAAACCTGTACTTGTAGACTTCTATGCTACTTGgtgagtttat ... ttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggttttaatgtgttttttggttcttatatggttacagagttgtgttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACACTGAAAGATATAATTGCAGTTGTGAAAATTGATACTGAGAAGTACCCA
   ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                           tgtttttt  putative PPT
     ttaatgtgtttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgagtttatgttcaggtgtacttgttatagcatcaggttttaatgtgttttttggttcttatatggttacagagttgtgttttttgcagGTGTGGTCCATGTCAGCTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACACTGAAAGATATAATTGCAGTTGTGAAAATTGATACTGAGAAGTACCCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGT