Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CATATGATGCCGCCTTATGGAACACCGCCTCATCCGTATGTTACGATGTATCCTCCAGGTGGCATGTATGCTCATCCTTCATTACCTCCGgtactgttacagtttggatgttcagttatgttactcaaaaaagtgaatgtttttgtagtttctgttaacatgttccgtgctgcaacag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G32150.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G32150.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA16G15810.1 (Glycine max), 5'ss of exon 5
CATATGATGCCGCCTTATGGAACACCGCCTCATCCGTATGTTACGATGTATCCTCCAGGTGGCATGTATGCTCATCCTTCATTACCTCCGgtactgtt-acagtttggatgttc-------agttatgttactcaaaaaagtgaatgtttttgtagtttctgttaacatgttccgtgctgcaacag----------
||||| ||||| || ||||| || || |||||||| |||||| | |||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||  | ||||||||| | ||   || |       ||         |||| ||  |   ||   | |   |||        | |  ||| || || | |  |   |             
CATATTATGCCTCCCTATGGCACTCCACCTCATCCCTATGTTGCAATGTATCCCCATGGTGGCATATATGCTCATCCATCCATTCCTCCGgtattctttgtagataatgctctcttatggatattatattgttattaatcatcacaatttagaattcatttactaatat-ttgcatatttttatgaatttatttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19876330|gb|AU237161.1|AU237161
EST:     TTACGATGTATCCTCCAGGTGGCATGTATGCTCATCCTTCATTACCTCCG                         GGGTCTTATCCATATAGTCCCTATGCAATGCCTTCTCCTAATGGAATGGCT
genomic: TTACGATGTATCCTCCAGGTGGCATGTATGCTCATCCTTCATTACCTCCGgtactgttac ... gctgcaacagGGGTCTTATCCATATAGTCCCTATGCAATGCCTTCTCCTAATGGAATGGCT