1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...agaatcacttaggctttaggacaatgatattatatatggaaaaccgtagaattgttggtcatgcttcagcttgcttattaccttcccaattggaatccagGCAAAATTGTTGAAAGCCGATAATACAGAAAACAAAGGGTCTAAAGTTATTAGAAAAGAAGCAAGAAATGTGCTTTTGGAGCTAGCCAAAGACGAATACT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G23180.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCCGCTCGACTCACAAGATTCTGGTTGAAGTAGGAGTCATACCAAAACTG GCAAAATTGTTGAAAGCCGATAATACAGAAAACAAAGGGTCTAAAGTTATTEST: gi|116451240|gb|EG493832.1|EG493832
genomic: GCCGCTCGACTCACAAGATTCTGGTTGAAGTAGGAGTCATACCAAAACTGgtaagacctt ... tggaatccagGCAAAATTGTTGAAAGCCGATAATACAGAAAACAAAGGGTCTAAAGTTATT
EST: GCCGCTCGACTCACAAGATTCTGGTTGAAGTAGGAGTCATACCAAAACTG GCAAAATTGTTGAAAGCCGATAATACAGAAAACAAAGGGTCTAAAGTTATT
genomic: GCCGCTCGACTCACAAGATTCTGGTTGAAGTAGGAGTCATACCAAAACTGgtaagacctt ... tggaatccagGCAAAATTGTTGAAAGCCGATAATACAGAAAACAAAGGGTCTAAAGTTATT
gtagaattgttggtcatgcttcagcttgcttattaccttcccaattggaatccagGCAAAATTGTTGAAAGCCGATAATACAGAAAACAAAGGGTCTAAAGTTATTAGAAAAGAAGCAAGAAATGTGCTTTTGGAGCTAGCCAAAGACGAATACT
ttatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agaatcacttaggctttaggacaatgatattatatatggaaaaccgtagaattgttggtcatgcttcagcttgcttattaccttcccaattggaatccagGCAAAATTGTTGAAAGCCGATAATACAGAAAACAAAGGGTCTAAAGTTATTAGAAAAGAAGCAAGAAATGTGCTTTTGGAGCTAGCCAAAGACGAATACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
agaatca
- - - - - - - - - - acaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaccg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgcttc