1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
CAACCTGTTATCCTCCACATGTTGGATATTCCTCCAGCTGCTGAAGCTTTGAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagggttttgttttgctgtggatatttgcattccgtgtcataagttgttttgtataagtgggaaaggagaagatgaatatttgatgtgtattattatcag
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G04410.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|47830669|gb|CK120353.1|CK120353
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|47828241|gb|CK117925.1|CK117925
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|301503095|gb|HO208635.1|HO208635
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|47829133|gb|CK118817.1|CK118817
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|47829241|gb|CK118925.1|CK118925
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|125239661|gb|EL253746.1|EL253746
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTAEST: gi|125001117|gb|EL073386.1|EL073386
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTA
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGEST: gi|164045820|gb|ES044957.1|ES044957
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGG
EST: GCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|164040010|gb|ES103409.1|ES103409
genomic: GCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|47828264|gb|CK117948.1|CK117948
genomic: GCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|124726636|gb|EH818038.1|EH818038
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: TTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTAEST: gi|164192400|gb|ES027860.1|ES027860
genomic: TTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTT-
EST: CGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGC-TTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|47832292|gb|CK121976.1|CK121976
genomic: CGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|125266062|gb|EL280147.1|EL280147
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGEST: gi|301501445|gb|HO206985.1|HO206985
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|125160655|gb|EL188145.1|EL188145
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATEST: gi|47828810|gb|CK118494.1|CK118494
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGAT
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|124742458|gb|EH833620.1|EH833620
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: TCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|47831346|gb|CK121030.1|CK121030
genomic: TCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|124808345|gb|EH894523.1|EH894523
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: CTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGEST: gi|164095902|gb|ES059298.1|ES059298
genomic: CTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGAEST: gi|125241285|gb|EL255370.1|EL255370
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGA
EST: CGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: CGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAACCTGTTATCCTCCACATGTTGGATATTCCTCCAGCTGCTGAAGCTTTGAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagggttttgttttgctgtggatatttgcattccgtgtcataagttgttttgtataagtgggaaaggagaagatgaatatttgatgtgtattattatcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT