Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtagttaagggttttgttttgctgtggatatttgcattccgtgtcataagttgttttgtataagtgggaaaggagaagatgaatatttgatgtgtattattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCGAGGAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G04410.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: AT1G04410.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g33800.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
gtagttaagggttttgttttgctgtggatatttgcattccgtgtcataagttgttttg-tataagtgggaaaggagaagatgaatatttgatgtgt-attattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCGAGGAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA
                       ||       | ||||       ||  ||| ||    | | ||       |  || | | ||  |||  ||| |   | || | |||  |||| || ||||||||||  || ||||  || ||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||||||
-----------------------gtaagctggttcattgaactcaatttgtttttaaactgtcagcatccttgctgatgtttaaacttttctgttttggtgttgt-agGAATTGTCGCAACAACTGATGTTGTGGAGGCCTGCACTGGTGTGAATGTTGCGGTTATGGTTGGTGGGTTCCCCAGGAAGGAGGGAATGGAAAGGAAGGA

upper sequence: AT1G04410.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G415359_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtagttaagggttttgttttgctgtggatatttgcattccgtgtcataagttgttttgtataagtgggaaaggagaag-atgaatatttgatgtgtattattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCGAGGAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA
|||       ||  |  |||   | | ||     | ||| || |  ||  ||    || ||   ||     |  |  | || ||| ||||  ||  | |||    ||| |||||||||||||||||||  || || |  || ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||
gtaagctgatgtgctaatttagagagtatggcctc-ttctgtcttttatatt----tgaattgttgttcttgctggtgtataaatgtttg--gtaaactat----agGAGTTGTTGCTACAACTGATGTTGTGGAAGCCTGCACTGGGGTCAATGTGGCCGTCATGGTTGGTGGATTCCCCAGGAAGGAGGGAATGGAAAGGAAAGA

upper sequence: AT1G04410.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA02G00810.2 (Glycine max), 3'ss of exon 2
------------gtagttaagggttttgttt------tgctgtggatatttgcatt--ccgtgt--------cataagttgtttt-----gtataagtgggaaaggagaagatgaatattt--gatgtgtattattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCGAGGAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA
             | ||| | ||   ||||       |    || |||    | ||  |||| |        |||| |||  |||     |  ||  ||   ||  |||  || ||    |  ||| | ||||  | |||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||
gtatgacttacctttgttgaagggactgttacataaatatcatgaataacaacgttagccgtcttgatttgacataggtttctttcagtagcttatatgatcaacaagattattaaatcctgggatatttatttgtttcagGTGTTGTTGCCACAACTGATGTGGTTGAGGCATGCACTGGGGTCAATATTGCCGTGATGGTTGGTGGATTCCCAAGAAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA

upper sequence: AT1G04410.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G00920.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2
------------gtagttaagggttttgttttgc------tgtggata---tttgca--ttccgtgtcataagttgttttgtataagtgggaaag-----gagaagatgaatatttgatgtgt-attattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCGAGGAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA
             | ||| | ||   ||||          | || |||   || |||  ||   | | | | |||  |||   | | |   |         |||  || ||    |    | | |||    |||||||||||||||||||| ||||  ||||||| ||| ||||| |||||| |||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||
gtttgacttacctttgttgaagggactgttgcataaacattatgaataacattagcaattttgatttaacaggtttgttttagtgacttatatgatcctcaagattattaaatcctaggatattatttgcttcagGTGTTGTTGCTACAACCGATGTGGTTGAGGCATGCACTGGGGTCAATATTGCAGTGATGGTTGGTGGATTCCCTAGAAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA

upper sequence: AT1G04410.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0005g03350.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
gtagttaagggttttgttttgctgtggatat-ttgcattccgtgtcataa-gttgttttgtataagtgggaaaggagaagatgaatatttgatgtgtattattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCGAGGAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA
                       ||   | | ||   |||| ||  ||   ||  ||   ||| |||   || |  ||  |  |   |  | | |   || || |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||
-----------------------gtaattttcttttcttccatgaaatgctgtgattacatatcagtcaaaatgatgacaacaatactgagttctaattttttttcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGTTGTTGAGGCATGCACTGGAGTCAATATTGCTGTCATGGTTGGTGGCTTCCCAAGGAAAGAAGGAATGGAAAGGAAAGA

upper sequence: AT1G04410.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0005g03360.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtagttaagggttttgttttgctgtggatatttgcattccgtgtcata--agttgttttgtataagtgggaaaggagaagatgaatatttgatgtgtattattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCGAGGAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA
                    |  ||   | ||| | |||| |   ||    ||  ||   ||| |||   || |  ||  |  |   |  | | |   || ||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||| || |||||
--------------------gtagtttttcttttc-ttccataaaatgctggtcattacatatcagtcaaaatgatgacaacaatagtgagttctaatttttttacagGTGTTGTTGCTACAACTGATGTTGTTGAGGCATGCACTGGAGTCAATATTGCTGTCATGGTTGGCGGCTTCCCAAGAAAAGAAGGAATGGAAAGAAAGGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|47829836|gb|CK119520.1|CK119520
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|47830669|gb|CK120353.1|CK120353
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|47828241|gb|CK117925.1|CK117925
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|301503095|gb|HO208635.1|HO208635
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|47829133|gb|CK118817.1|CK118817
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|47829241|gb|CK118925.1|CK118925
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|125239661|gb|EL253746.1|EL253746
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTA
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTA
EST: gi|125001117|gb|EL073386.1|EL073386
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGG
EST: gi|164045820|gb|ES044957.1|ES044957
EST:     GCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|164040010|gb|ES103409.1|ES103409
EST:     GCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|47828264|gb|CK117948.1|CK117948
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|124726636|gb|EH818038.1|EH818038
EST:     TTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTA
genomic: TTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTT-
EST: gi|164192400|gb|ES027860.1|ES027860
EST:     CGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGC-TTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: CGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|47832292|gb|CK121976.1|CK121976
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|125266062|gb|EL280147.1|EL280147
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTG
EST: gi|301501445|gb|HO206985.1|HO206985
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|125160655|gb|EL188145.1|EL188145
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGAT
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGAT
EST: gi|47828810|gb|CK118494.1|CK118494
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|124742458|gb|EH833620.1|EH833620
EST:     TCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: TCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|47831346|gb|CK121030.1|CK121030
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|124808345|gb|EH894523.1|EH894523
EST:     CTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: CTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
EST: gi|164095902|gb|ES059298.1|ES059298
EST:     GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGA
genomic: GAACGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGA
EST: gi|125241285|gb|EL255370.1|EL255370
EST:     CGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAG                         GTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG
genomic: CGGTGTTAAGATGGAGTTGATCGATGCTGCTTTCCCTCTTCTTAAAGgtagttaagg ... ttattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgttttgtataagtgggaaaggagaagatgaatatttgatgtgtattattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCGAGGAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA
                                 atttgat  putative branch site (score: 5)
                              aatatttgatgtgtat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtagttaagggttttgttttgctgtggatatttgcattccgtgtcataagttgttttgtataagtgggaaaggagaagatgaatatttgatgtgtattattatcagGTGTTGTTGCTACAACTGATGCCGTTGAGGGATGTACTGGAGTCAATGTTGCTGTTATGGTTGGTGGTTTCCCGAGGAAAGAAGGTATGGAGAGGAAGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA