Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACTGCTGTTGCTTCATCGTTGATGGATAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgtttttattaaaattcttagccatattcgaaaatctcaaccctcattagtattaccacaacaggactaacttggattttatggttttgtattgaaaag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G16150.1
intron # 11
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116412120|gb|EG454712.1|EG454712
EST:     TGGATAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATG                         GCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCT
genomic: TGGATAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCT
EST: gi|125079935|gb|EL141729.1|EL141729
EST:     AAGGAAAAGTCTTTCACTGACAAGCTTTGGTGGAATG                         GCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCT
genomic: AAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCT
EST: gi|124842150|gb|EH926587.1|EH926587
EST:     GATAAAAATGGGAAGGAAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATG                         GCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGT
genomic: GAT-AAAATGGGAAGG-AAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGT
EST: gi|124733796|gb|EH825198.1|EH825198
EST:     TACTGACAAGCTTTGGTGGAATG                         GCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCT
genomic: TACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCT
EST: gi|124757524|gb|EH847654.1|EH847654
EST:     TGGATAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATG                         GCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACA
genomic: TGGATAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACA
EST: gi|164139153|gb|ES036807.1|ES036807
EST:     AAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATG                         GCTTTGTCAATGCTGTTACTC
genomic: AAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCACTGCTGTTGCTTCATCGTTGATGGATAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgtttttattaaaattcttagccatattcgaaaatctcaaccctcattagtattaccacaacaggactaacttggattttatggttttgtattgaaaag

- - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA