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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTCTCGGATTTTTCTCGCATTTTCCCTCTGTTTTCTCTTCACTCTCCCTCTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgtgatgatttgagatggattcgaattctgttcttcgattttttttggttttgactgagaaatttaatcttttgcag

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT3G28480.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86032585|gb|DR328338.1|DR328338
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032582|gb|DR328335.1|DR328335
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032583|gb|DR328336.1|DR328336
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032569|gb|DR328322.1|DR328322
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032587|gb|DR328340.1|DR328340
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|116452355|gb|EG494947.1|EG494947
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032572|gb|DR328325.1|DR328325
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032563|gb|DR328316.1|DR328316
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032580|gb|DR328333.1|DR328333
EST:     GCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: GCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032588|gb|DR328341.1|DR328341
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032570|gb|DR328323.1|DR328323
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032575|gb|DR328328.1|DR328328
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032564|gb|DR328317.1|DR328317
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032578|gb|DR328331.1|DR328331
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032586|gb|DR328339.1|DR328339
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAA
EST: gi|86032568|gb|DR328321.1|DR328321
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032584|gb|DR328337.1|DR328337
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032577|gb|DR328330.1|DR328330
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032576|gb|DR328329.1|DR328329
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032573|gb|DR328326.1|DR328326
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032566|gb|DR328319.1|DR328319
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
EST: gi|86032589|gb|DR328342.1|DR328342
EST:     CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAG                         AGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA
genomic: CTAATTTCATCTGCACCTAACCGCTTCCTCACTAGATCGAGTAACACTAGgttagattgt ... tcttttgcagAGATGGGTCAGTGATAAAGATGAAAACAAGTGCTTCTTCTTTTGGGTTTGA