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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtgacgatatctttgtaaatgctctagatacttggaatatgatgacgtcggagactctactccaccgtcttttatacgatcttcttgagtataaagatcttattggagaagtctcattaacaatgtgagcttttgacgtggatccttatcgaatatgtgcagATCGCCGTTGCAATGCGCCCTGTCATCAAGTGGTTTGGGCTTTGGAAATCAGTGCGCGGAATAGCTCGACTTTATGATGCAGCCATGGGAATGATATTGT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S67_234V6.1
intron # 50
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162279973|gb|FC456159.1|FC456159
EST:     TGTTTGCAAGTCTATTAGCTCTCATTCCAACTGGCTGGGGGCTACTCTCT                         ATCGCCGTTGCAATGCGCCCTGTCATCAAGTGGTTTGGGCTTTGGAAATCA
genomic: TGTTTGCAAGTCTATTAGCTCTCATTCCAACTGGCTGGGGGCTACTCTCTgtaagtgacg ... atatgtgcagATCGCCGTTGCAATGCGCCCTGTCATCAAGTGGTTTGGGCTTTGGAAATCA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaagtctcattaacaatgtgagcttttgacgtggatccttatcgaatatgtgcagATCGCCGTTGCAATGCGCCCTGTCATCAAGTGGTTTGGGCTTTGGAAATCAGTGCGCGGAATAGCTCGACTTTATGATGCAGCCATGGGAATGATATTGT
        attaacaat  TA-rich tract