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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtactttctattgtgaatattactttttcgttttaccctctctggattctttatttttgtacatctaacagttgtgacagctcctgccatttgataaggttcttcacagaacttggaagcccctcactggattcattcagtttttctgtatattggtttttaaggtaacgtgtctttcaatcgtgtcttgttcagAAAGAACGAGTGAGACGACTGCATTATATTTTATCTATCAAGGATTCGGCTTTGAATGTTCCAGTAAATTTAGAAGCTCGTCGACGGTTGCAGTTCTTCA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S67_234V6.1
intron # 30
splice site 3'
intron type U2


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttctgtatattggtttttaaggtaacgtgtctttcaatcgtgtcttgttcagAAAGAACGAGTGAGACGACTGCATTATATTTTATCTATCAAGGATTCGGCTTTGAATGTTCCAGTAAATTTAGAAGCTCGTCGACGGTTGCAGTTCTTCA
                      aggtaac  putative branch site (score: 3)
                                             tcttgttc  putative PPT
        tatattggtttttaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtaagtactttctattgtgaatattactttttcgttttaccctctctggattctttatttttgtacatctaacagttgtgacagctcctgccatttgataaggttcttcacagaacttggaagcccctcactggattcattcagtttttctgtatattggtttttaaggtaacgtgtctttcaatcgtgtcttgttcagAAAGAACGAGTGAGACGACTGCATTATATTTTATCTATCAAGGATTCGGCTTTGAATGTTCCAGTAAATTTAGAAGCTCGTCGACGGTTGCAGTTCTTCA

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