Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtcattttagcatctttttctcttgtttttttgtgaactaacatttatgctatgaactacaagatttctaatatggtatcatttttaaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTTGGTCAA

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT5G39930.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|116437659|gb|EG480251.1|EG480251
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCTATGCAA
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCC-ATGCAA
EST: gi|116437653|gb|EG480245.1|EG480245
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCA
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCA
EST: gi|116437665|gb|EG480257.1|EG480257
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAA
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAA
EST: gi|116463908|gb|EG506500.1|EG506500
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGTAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
EST: gi|116437666|gb|EG480258.1|EG480258
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCTATGCAA
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCC-ATGCAA
EST: gi|116463910|gb|EG506502.1|EG506502
EST:     CCGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAGGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
EST: gi|116463899|gb|EG506491.1|EG506491
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
EST: gi|116463918|gb|EG506510.1|EG506510
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
EST: gi|116437669|gb|EG480261.1|EG480261
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAA
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAA
EST: gi|116437664|gb|EG480256.1|EG480256
EST:     CTGGGATGGCGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCA
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCA
EST: gi|116463874|gb|EG506466.1|EG506466
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTTATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
EST: gi|116437658|gb|EG480250.1|EG480250
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAA
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAA
EST: gi|116463877|gb|EG506469.1|EG506469
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
EST: gi|116463913|gb|EG506505.1|EG506505
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
EST: gi|116463891|gb|EG506483.1|EG506483
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
EST: gi|116377472|gb|EG420064.1|EG420064
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAA
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAA
EST: gi|116463879|gb|EG506471.1|EG506471
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
EST: gi|116463884|gb|EG506476.1|EG506476
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
EST: gi|116463901|gb|EG506493.1|EG506493
EST:     CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCG                         CTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT
genomic: CTGGGATGGTGATTGACACTATGGGATTTATCGTTCGTGAAGGCTATGCGgtcattttag ... aaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catttatgctatgaactacaagatttctaatatggtatcatttttaaatttgcagCTGCTTCTCCATGCAATAAGGACGTTTAATGCGTCTTTAGTTATTGTCGTTGGTCAA
                        ttctaat  putative branch site (score: 2)
                      atttctaatatggtat  TA-rich tract