Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtctaatacgagattattctttgtttctttgttgcattttggtgttatggggttcatgtttttcttgttgaacagGCTTATTCTCCTATGCCGCCTCATGGTTATGTAGCATCAAGTCCTCAACCTCATCCTTATATGTGGGGCGTTCAG

Basic information

species Arabidopsis thaliana
transcript AT1G32150.1
intron # 3
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|19876330|gb|AU237161.1|AU237161
EST:     CTGCTGTGAGTGCTGGAGTGGCTGTTACTCAAGATTGGTCTGGCTTCCAG                         GCTTATTCTCCTATGCCGCCTCATGGTTATGTAGCATCAAGTCCTCAACCT
genomic: CTGCTGTGAGTGCTGGAGTGGCTGTTACTCAAGATTGGTCTGGCTTCCAGgtctaatacg ... tgttgaacagGCTTATTCTCCTATGCCGCCTCATGGTTATGTAGCATCAAGTCCTCAACCT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtttctttgttgcattttggtgttatggggttcatgtttttcttgttgaacagGCTTATTCTCCTATGCCGCCTCATGGTTATGTAGCATCAAGTCCTCAACCTCATCCTTATATGTGGGGCGTTCAG
                                ttcatgtttttctt  CT-rich tract
                                   atgttttt  TA-rich tract