1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtacatgtttttattaaaattcttagccatattcgaaaatctcaaccctcattagtattaccacaacaggactaacttggattttatggttttgtattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCTGCCTATTCTGGAACCCTTGCCGTTGTTGGAACTGTTCT
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT5G16150.1 |
intron # | 11 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGATAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATG GCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCTEST: gi|125079935|gb|EL141729.1|EL141729
genomic: TGGATAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCT
EST: AAGGAAAAGTCTTTCACTGACAAGCTTTGGTGGAATG GCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCTEST: gi|124842150|gb|EH926587.1|EH926587
genomic: AAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCT
EST: GATAAAAATGGGAAGGAAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATG GCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTEST: gi|124733796|gb|EH825198.1|EH825198
genomic: GAT-AAAATGGGAAGG-AAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGT
EST: TACTGACAAGCTTTGGTGGAATG GCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTEST: gi|124757524|gb|EH847654.1|EH847654
genomic: TACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCT
EST: TGGATAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATG GCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACAEST: gi|164139153|gb|ES036807.1|ES036807
genomic: TGGATAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACA
EST: AAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATG GCTTTGTCAATGCTGTTACTC
genomic: AAAGTCTTTTACTGACAAGCTTTGGTGGAATGgtacatgttt ... tattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTC
cattagtattaccacaacaggactaacttggattttatggttttgtattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCTGCCTATTCTGGAACCCTTGCCGTTGTTGGAACTGTTCT
gactaac putative branch site (score: 1)
ttttgtattgaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacatgtttttattaaaattcttagccatattcgaaaatctcaaccctcattagtattaccacaacaggactaacttggattttatggttttgtattgaaaagGCTTTGTCAATGCTGTTACTCTCCTTGTCCTTCACATGGAAGGCTCTTGCTGCCTATTCTGGAACCCTTGCCGTTGTTGGAACTGTTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC