1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...tcatgccaatttcactacccatgtggttgattttcaaaacctagcttaggggtggattattcttcttgcaacttattacctttgttttggtattaatcagTTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTACGCTTTGAACATGTTCACAGACTTTGTTCCGATGGGGGGCTTTTCCGATG
species | Arabidopsis thaliana |
transcript | AT1G75510.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAAGATTGTTCGCGAAGTTGATCCTCTACGGGACGATTCTCCCCCCGAG TTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTACEST: gi|86036937|gb|DR332692.1|DR332692
genomic: CAAAGATTGTTCGCGAAGTTGATCCTCTACGGGACGATTCTCCCCCCGAGgtaatttggt ... tattaatcagTTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTAC
EST: CAAAGATTGTTCGCGAAGTTGATCCTCTACGGGACGATTCTCCCCCCGAG TTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTACEST: gi|86036939|gb|DR332694.1|DR332694
genomic: CAAAGATTGTTCGCGAAGTTGATCCTCTACGGGACGATTCTCCCCCCGAGgtaatttggt ... tattaatcagTTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTAC
EST: CAAAGATTGTTCGCGAAGTTGATCCTCTACGGGACGATTCTCCCCCCGAG TTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTACEST: gi|86036936|gb|DR332691.1|DR332691
genomic: CAAAGATTGTTCGCGAAGTTGATCCTCTACGGGACGATTCTCCCCCCGAGgtaatttggt ... tattaatcagTTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTAC
EST: CAAAGATTGTTCGCGAAGTTGATCCTCTACGGGACGATTCTCCCCCCGAG TTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTAC
genomic: CAAAGATTGTTCGCGAAGTTGATCCTCTACGGGACGATTCTCCCCCCGAGgtaatttggt ... tattaatcagTTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTAC
ttaggggtggattattcttcttgcaacttattacctttgttttggtattaatcagTTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTACGCTTTGAACATGTTCACAGACTTTGTTCCGATGGGGGGCTTTTCCGATG
attattctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcatgccaatttcactacccatgtggttgattttcaaaacctagcttaggggtggattattcttcttgcaacttattacctttgttttggtattaatcagTTCAAAATGTATATGGTTGGTGCTGAGTATGGGAACATGCCAAAGTGCTACGCTTTGAACATGTTCACAGACTTTGTTCCGATGGGGGGCTTTTCCGATG
-catgcca
- - - - - - - ctaccca
- - - - - - - - - - - - - - - - - caaaacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gttttgg