Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taaattttgttattaggattattttttctcagcatagtacataaaaccatattacttgtcacatatgttcattatcttctatatactttttttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G892742_T04
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G892742_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os05g25210.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
taaattttgttattaggattattttttctcagcatagtacataaaaccatattactt--gtcacatatgttcattatcttctatatactttttttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT
 ||| |   ||  ||  |||    | | | |          |||||  ||   ||||  ||   | ||| ||| | | | |  ||| |||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| || 
aaaaatgctttcctattattgagatattttacatctactggtaaaagtatgccacttctgttgaaaatgctcactttgtgc-gtat-ctttatttgtaacagATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTATAGCATGTGGATCGCGTGGCCTAGTAACATGCAAGACATGTAGTGGCTATGGTTCCCTTCTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22472922|gb|BU037402.1|BU037402
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAG
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAG
EST: gi|71330803|gb|DR802197.1|DR802197
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCCCCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|5325047|gb|AI783238.1|AI783238
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|5846859|gb|AI999942.1|AI999942
EST:     GCATGTNATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|87155688|gb|DY400477.1|DY400477
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|32851314|gb|CD990995.1|CD990995
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|26558823|gb|CA831058.1|CA831058
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATG
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATG
EST: gi|71446189|gb|DR827239.1|DR827239
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: gi|5847487|gb|AW000566.1|AW000566
EST:     GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT                         ATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC
genomic: GCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 41 (downstream exon)
Score: 67

CTGGTCAGGCTCACGGGTTTTATAAAGCAAATCAGATGACCCAGTGTGGTGCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 109

CTGGTCAGGCTCACGGGTTTTATAAAGCAAATCAGATGACCCAGTGTGGTGCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT


Block sizes: 45 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 84

CTGGTCAGGCTCACGGGTTTTATAAAGCAAATCAGATGACCCAGTGTGGTGCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 87

CTGGTCAGGCTCACGGGTTTTATAAAGCAAATCAGATGACCCAGTGTGGTGCATGTCATGGCAGAGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagttgtt ... tttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accatattacttgtcacatatgttcattatcttctatatactttttttgtcacagATGTGGAATGTGCAATGGTAAAGGAATGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTT
                                        ctttttttgtc  CT-rich tract
                         attatcttctatatac  TA-rich tract