Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttgaggtcatttttccaagtatttatatcggtttctgtttctaagtggaggaagttgttgaacaacataaaaatccaaaacatctgaatgcaaa...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G892742_T03
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM5G892742_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g25210.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TGTTACCTTGTATAGCATGTGGATCACGTGGATTAGTGACATGCAACACATGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttgaggtcatttttccaagtatttatatcggtttctgtttctaagtggaggaagttgttgaacaacataaaaat----ccaaaacatctgaatgcaaa-----
|||| |||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||| ||||||| ||| ||||||||||| || ||| ||||||  |||||||||| |||||||| |   | |  ||||||        | |  | ||||  || | || || ||| | | |||  |  ||||  |||||     ||||| || |||  ||  |     
TGTTGCCTTGTATAGCATGTGGATCGCGTGGCCTAGTAACATGCAAGACATGTAGTGGCTATGGTTCCCTTCTCGCAAAAAGCACTGCTCATGTTCGATGgtaattt---gattctttttctg-----ctgttgctgttttagtgtttacgttgag-acgatgtatagtaacaagaaaataaaatcaaaatatgtgatggctgaaagga
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71330803|gb|DR802197.1|DR802197
EST:     TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|5325047|gb|AI783238.1|AI783238
EST:     TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|5846859|gb|AI999942.1|AI999942
EST:     TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|14243528|gb|BG841239.2|BG841239
EST:     TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|76285536|gb|DV025104.1|DV025104
EST:     TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|24934412|gb|CA452630.1|CA452630
EST:     ACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCTTCGGT
genomic: ACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|71759578|gb|DR957515.1|DR957515
EST:     TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|32851314|gb|CD990995.1|CD990995
EST:     TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAACTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|101401376|gb|EB822365.1|EB822365
EST:     TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|71446189|gb|DR827239.1|DR827239
EST:     TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|5847487|gb|AW000566.1|AW000566
EST:     TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: TGTACTGGATATGGTTCCCTCCTTGCACAAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT
EST: gi|6448370|gb|AW181136.1|AW181136
EST:     AAAGCATGGCTCATGTTCAATG                         GAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAACTAGAGGGGCTGCCTCGGT
genomic: AAAGCATGGCTCATGTTCAATGgtaatcttga ... ctgtttccagGAAGACGCTGTCAGCTAGAAAAGTTAGTGCAGCTAGAGGGGCTGCCTCGGT