1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tattgctgtttcctgggcttgcatcaagtacatttgtattgttaacttatttcatttcctcctatgcagcaacccttatgtttccttttaattatgttagGATGTCACGCCCTTGAGACAGACAGTGCAAGCTAAGCGTACTGGTGGCAGCAGTGGAGAAATCTACAACTTAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G886883_T02 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCCTCCGGATGAAGAAGGAGCTCGAGCGGCGGAGGGCCAGACAGAGGATG GATGTCACGCCCTTGAGACAGACAGTGCAAGCTAAGCGTACTGGTGGCAGC
genomic: TCCTCCGGATGAAGAAGGAGCTCGAGCGGCGGAGGGCCAGACAGAGGATGgtgaggaaaa ... attatgttagGATGTCACGCCCTTGAGACAGACAGTGCAAGCTAAGCGTACTGGTGGCAGC
cttatttcatttcctcctatgcagcaacccttatgtttccttttaattatgttagGATGTCACGCCCTTGAGACAGACAGTGCAAGCTAAGCGTACTGGTGGCAGCAGTGGAGAAATCTACAACTTAA
ttttaat putative branch site (score: 43)
ttttaattatgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tattgctgtttcctgggcttgcatcaagtacatttgtattgttaacttatttcatttcctcctatgcagcaacccttatgtttccttttaattatgttagGATGTCACGCCCTTGAGACAGACAGTGCAAGCTAAGCGTACTGGTGGCAGCAGTGGAGAAATCTACAACTTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA