1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gtaagtttccctgcatacaaactgaagaatgttcatgctttctcaaagcgtagtagtttcttgttgttttttttttacattttaactatttcattatgttgtccttactgtgatacttccttgcggatgcagGATTTATTGCCATGTATGCTACTCTTGCAAGCAGAGATGTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G879882_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGTGCTGAAAATGGAATAGGTTTAGTGAAGCTTATGGGTCGCTATAGTG GATTTATTGCCATGTTTGCTACTCTTGCAAGCAGAGATGTGEST: gi|108954346|gb|EC365109.1|EC365109
genomic: AAGTGCTGAAAATGGAATAGGTTTAGTGAAGCTTATGGGTCGCTATAGTGgtaagtttcc ... gcggatgcagGATTTATTGCCATGTATGCTACTCTTGCAAGCAGAGATGTG
EST: AAGTGCTGAAAATGGAATAGGTTTAGTGAAGCTTATGGGTCGCTATAGTG GATTTATTGCCATGTATGCTACTCTTGCAAGCAGAGATGTG
genomic: AAGTGCTGAAAATGGAATAGGTTTAGTGAAGCTTATGGGTCGCTATAGTGgtaagtttcc ... gcggatgcagGATTTATTGCCATGTATGCTACTCTTGCAAGCAGAGATGTG
cattttaactatttcattatgttgtccttactgtgatacttccttgcggatgcagGATTTATTGCCATGTATGCTACTCTTGCAAGCAGAGATGTG
tccttac putative branch site (score: 132)
cttccttgc putative PPT
taactatttcattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtttccctgcatacaaactgaagaatgttcatgctttctcaaagcgtagtagtttcttgttgttttttttttacattttaactatttcattatgttgtccttactgtgatacttccttgcggatgcagGATTTATTGCCATGTATGCTACTCTTGCAAGCAGAGATGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG